Действительно можно предположить, что Иван III, хотя и имея все внешние знаки власти, был вынужден передать значительную часть реальной власти Василию (Софья умерла 7 апреля 1503 г.). Очевидно, что Василий установил тесный контакт с лидерами консервативной группы русского духовенства. Они, в свою очередь, рассчитывали, что Василий поддержит борьбу против ереси, а также поможет им отразить будущие попытки провести секуляризацию церковных земель.
Под влиянием Василия Иван III согласился принять лидера консервативного духовенства, настоятеля Иосифа Санина Волоцкого.255 Иван III трижды имел беседы с Иосифом на пасхальной неделе 1503 г.256 Мы знаем об этих встречах из писем Иосифа архимандриту Митрофану, который являлся духовником Ивана III в последние годы его жизни. Иосиф написал Митрофану в апреле 1504 г. – то есть примерно через год после встречи с Иваном III. Иосиф, по всей вероятности, в это время еще прекрасно помнил основное содержание своих бесед, но мы не можем быть уверены, что все его утверждения правдивы в деталях.257 Как пишет Иосиф, при первой встрече Иван признал, что беседовал с еретиками и просил Иосифа простить его. Иван III добавил, что митрополит и епископы отпустили ему этот грех. Иосиф ответил, что Бог простит Ивана III, если с этого момента он будет бороться с ересью. Во второй беседе Иван III объяснил Иосифу, какую ересь возглавлял протоиерей Алексий, а какую Федор Курицын. Иван также признал, что его невестку Елену обратил в ересь Иван Максимов. Затем Иван, как утверждается, пообещал принять против ереси жесткие меры. Однако при третьей встрече Иван III спросил Иосифа, не будет ли грехом наказывать еретиков. Когда Иосиф начал выступать в пользу наказания, Иван резко прервал беседу.
В августе и сентябре 1503 г. в Москве был созван собор (церковный совет). Иосиф и его последователи надеялись, по всей вероятности, что этот собор разрешит подавление ереси. Иван III, однако, не включил вопрос о ереси в повестку дня собора, который под председательством Ивана III рассмотрел некоторые мелкие реформы в церковной администрации. Одна из них касалась сборов, которые требовали епископы от кандидатов в священнослужители при посвящении в сан. Это, кстати, было одним объектов критики еретиков. Собор принял решение упраздни эти сборы. Когда сессия собора уже близилась к концу, представитель заволжских старцев, Нил Сорский, предложил вниманию собора новую проблему, говоря, что монастыри нужно лишить права владеть землей. Маловероятно, что Нил сделал этот шаг без согласования с Иваном III.