В июне 1940 г. был образован Национальный комитет по оборонным исследованиям (НДРК) под председательством доктора Ванневара Буша. Комитет по урану вошел в него в качестве одного из подкомитетов и сыграл важную роль в дальнейшем развитии атомных исследований. Были заключены договоры с университетами, частными и общественными организациями. К ноябрю 1941 г. было заключено 16 договоров на общую сумму около 300 тысяч долларов.
Весной и летом 1941 г. вся программа работ по атомным исследованиям тщательно изучалась с целью установления их оборонного значения.
В результате Буш, разделяя уверенность британских ученых в большой оборонной важности этих исследований, пришел к выводу, что усилия США в области военного использования атомной энергии должны быть расширены. Этот вопрос он обсудил с президентом и заручился его поддержкой. В этот период Рузвельт как раз образовал группу по вопросам высшей политики, состоявшей из него самого, вице-президента Уоллеса, военного министра Стимсона, начальника штаба генерала Маршалла, Буша и Конэнта.
В ноябре 1941 г. урановый проект перерос рамки НДРК и был непосредственно подчинен Управлению научных исследований и разработок (ОСРД), одним из подразделений которого стал НДРК. Одновременно Буш, который возглавлял ОСРД, создал планирующий совет для проектирования как опытных заводов, так и в последствии промышленных комбинатов.
Практически целью всех лабораторных исследований, проводившихся в то время, было осуществление управляемой цепной реакции в уране-235 — редком изотопе урана, содержащемся в природном уране в количестве 0,7 процента, Этот изотоп обладает способностью легко делиться, чего лишен составляющий основную массу урана изотоп с атомным весом 238. Однако уже вскоре стало ясно, что, до тех пор пока не получены неслыханные по тем временам количестве этого редкого изотопа в чистом виде, цепную реакцию осуществить не удастся.
Таким образом, определилась основная проблема — разработка промышленного процесса получения вещества, которое до этого получали лишь в микроскопических количествах. Все процессы, предназначавшиеся для достижения этой цели, были основаны на использовании ничтожного различия в физико-химических свойствах изотопов урана. Радостные надежды вселили в нас исследования, теоретически предсказавшие возможность превращения урана-238 в новый, легко делящийся элемент — плутоний, который мог быть отделен от исходного урана химическим способом. Эти надежды основывались на том, что выделение плутония окажется более доступным процессом, чем разделение изотопов урана.