Манхэттенский проект был подчинен президенту США через военного министра Стимсона. Он включал научную лабораторию в Лос-Аламосе, в которой разрабатывались, теоретически и практически, конструкция атомной бомбы и технологический процесс ее изготовления; Ханфордский и Клинтонский заводы, призванные обеспечить работы исходными материалами. Позже проекту была передана специальная группа планирования военных операций, руководимая бригадным генералом Фареллом. В результате усилий Гровса, стремившегося к обособлению и полной бесконтрольности работ по созданию бомбы, в составе Манхэттенского проекта видное место заняла собственная служба безопасности, насчитывающая к моменту окончания работ 485 сотрудников во главе с полковником Пашем.
Для принятия особо ответственных решений и для политического контроля за работами в области атомной энергии был создан временный военно-политический комитет, в который вошли генералы Стайер и Гровс, вице-адмирал Пернелл и двое ученых — Буш и Конэнт.
Влияние Гровса на принятие решений в военно-политическом комитете было весьма ощутимым. Он сумел провести в жизнь свои собственные взгляды на сотрудничество в области атомной энергии с союзниками США, ограничившись обменом незначительной информацией.
Прочтя книгу Гровса, читатель сможет представить общую картину работ, проводимых по Манхэттенскому проекту, атмосферу, в которой жили и трудились ученые и инженеры, политический климат, создавшийся вокруг проблемы изготовления и применения атомной бомбы. Повествование Гровса проливает свет на некоторые стороны взаимоотношений американцев и англичан в период создания атомного оружия, на методы «порабощения» представителей науки политическим руководством, на разногласия и трения, которые возникали в среде руководителей внешнеполитического курса США и ученых по поводу использования атомной бомбы в условиях сомнительной военной необходимости.
Гровс нисколько не скрывает и даже гордится тем, что ему удалось возвести почти непроницаемую стену секретности вокруг руководимого им проекта. Причем одним из главных мотивов таких стараний было стремление «сохранить в тайне от русских… открытия и детали… проектов и заводов». Даже державы оси, с которыми воевала Америка, не казались Гровсу главными соперниками.
Ученые работали в обстановке слежки и строгой изоляции. Каждый знал только те детали проекта, которые касались его работы непосредственно. Даже в случае крайней необходимости для обмена информацией между различными отделами требовалось особое разрешение. Дело доходило буквально до курьезов: физик Генри Д. Смит, возглавлявший одновременно два отдела, для разговора с самим собой должен был получать разрешение у Гровса.