После войны много писалось о пресловутом деле Оппенгеймера, сфабрикованном, агентами службы безопасности Манхэттенского проекта. До своего назначения на пост руководителя Лос-Аламосской лаборатории в июне 1942 г. Роберт Оппенгеймер имел связи с левыми организациями, от которых затем отошел. Однако вследствие того, что проверка лояльности сотрудников Манхэттенского проекта простиралась вплоть до событий их детства, за ним была установлена тщательная слежка. Каждый шаг Оппенгеймера, как свидетельствует полковник Б. Паш, был известен агентам манхэттенской службы безопасности, каждое письмо прочитано, каждый телефонный разговор подслушан, каждая, встреча проверена и изучена. В результате на Оппенгеймера был собран компрометирующий материал. Гровс, чувствуя, что Оппенгеймера заменить невозможно, вызвал его к себе и демонстративно положил этот материал под сукно, чтобы заслужить полное доверие и благодарность ученого. После войны все это, однако, оказалось в комиссии по расследованию антиамериканской деятельности.
Непрерывные перекрестные допросы, заполнение анкет, снятие отпечатков пальцев, прислуга, завербованная в агенты контрразведки, микрофоны, спрятанные в стенах служебных кабинетов и на квартирах сотрудников, и, наконец, строгая цензура — все это входило в арсенал методов деятельности службы безопасности Манхэттенского проекта.
Во имя сохранения секретности Гровс избегал даже письменных докладов и донесений министру обороны, поскольку каждое донесение, изложенное на бумаге, в процессе осуществления проекта расценивалось секретным до такой степени, что его следовало, как говорится, по получении сжечь и убить доставившего его курьера.
Жизнь в условиях режима строгой секретности и казарменного распорядка страшно тяготила ученых. Были случаи, когда отдельные сотрудники не выдерживали этих «гестаповских» методов руководства и требовали увольнения. Таких обычно не выпускали из поля зрения до тех пор, пока не были завершены все работы.
Гровс создал свою собственную разветвленную сеть контрразведки, действующую в обход обычных каналов ФБР. Даже госдепартамент США до начала Ялтинской конференции в феврале 1945 г. ничего не знал о проекте атомной бомбы, не говоря уже о том, что в цели проекта не был посвящен и объединенный комитет начальников штабов.
Все работы по созданию атомной бомбы проводились с лихорадочной поспешностью. Движущим моментом такой спешки было сделать бомбу до окончания войны с Японией, поскольку уже в 1943 г. американцам стало абсолютно ясно, что немцы отстают от них более чем на два года. К тому времени Германия, как оказалось, не имела даже заводов по производству урана-235 и плутония.