Было бы неосторожно предположить, что именно подобные черты в характере Теодора-Леонгарда-Рудольфа послужили причиной семейного конфликта, но в 1891 году родители пятилетнего Роберта развелись, мальчик остался с матерью. Через три года она вторично вышла замуж – за барона Оскара Хойнинген-Хьюн Йерваканта. Брак оказался удачным, Софи-Шарлотта родила ещё сына и дочь. Семья постоянно проживала в Ревеле. Дом отчима Унгерн считал родным, там он останавливался, изредка приезжая на родину, даже после того, как в 1907 году мать умерла. Его отношения со сводным братом и сестрой были самые родственные.
Некоторое время он посещал ревельскую Николаевскую гимназию, но был исключён. Как объясняет дело один из его кузенов – Арвид Унгерн-Штернберг, Роберт, «несмотря на одарённость, вынужден был покинуть гимназию из-за плохого прилежания и многочисленных школьных проступков». Сказано мягко, но, угадывая в мальчике черты взрослого мужчины, каким он станет впоследствии, трудно поверить в невинность этих проказ. Как бы то ни было, Роберта решено было отдать в военное заведение. Мать остановила свой выбор на Морском корпусе в Петербурге, куда и отдала сына в 1896 году.
Однако военным моряком Унгерн не стал. Едва началась война с Японией, он решил ехать на фронт и за год до выпуска поступил рядовым в пехотный полк, что было поступком достаточно экстравагантным. Правда, к тому времени, когда Унгерн попал на Дальний Восток, война уже кончилась. Через год, так и не побывав под огнём, он возвращается в Ревель, затем поступает в Павловское пехотное училище в Петербурге. В 1908 году, «по окончании полного курса наук», его производят в офицеры, но не в подпоручики, чего следовало бы ожидать по профилю училища, а в хорунжии 1-го Аргунского полка Забайкальского казачьего войска. Странное для «павлона», как называли блестящих павловских юнкеров, производство и назначение Арвид Унгерн-Штернберг объяснял тем, что поскольку его кузен мечтал служить в кавалерии, то ему как выпускнику пехотного училища «можно было осуществить это своё желание только в казачьем полку».
То, что из всех казачьих войск Унгерн выбрал именно второразрядное Забайкальское, тоже вполне объяснимо. Во-первых, в это время поползли слухи о приближении новой войны с Японией, и он хотел быть поближе к будущему театру военных действий. Во-вторых, «жёлтыми» казаками (забайкальцы носили погоны и лампасы жёлтого цвета) командовал тогда генерал Ренненкампф фон Эдлер, с которым Унгерн состоял в родстве: его бабушка со стороны отца, Наталья-Вильгельмина, была урождённая Ренненкампф. Это позволяло надеяться на некоторую протекцию по службе.