Когда 18 ноября 1918 года Александр Васильевич Колчак стал Верховным Правителем России, Семёнов отказался его признать и потребовал в течение суток передать власть Деникину, Хорвату или атаману Дутову. Не получив ответа, он разорвал телеграфную связь Омска с Дальним Востоком и начал задерживать эшелоны с военными грузами, идущие через Читу на запад. В Омске поведение Семёнова было квалифицировано как акт государственной измены; в ответ атаман, поддерживаемый японцами, которые всегда считали Колчака «человеком Вашингтона», отправил ему телеграмму, беспрецедентную по тону и смыслу: он сам обвинил адмирала в измене и заявил, что во всеоружии встретит его, если тот попытается применить силу. На пороге нового, 1919 года белая Сибирь оказалась на грани междоусобной войны.
Не отправив на Урал, где в это время решалась судьба России, ни единого солдата, ни одного из своих семи бронепоездов, Семёнов приводит армию в полную боевую готовность. Теперь под ружьём у него, по разным оценкам, от 8-10 до 20 тысяч бойцов. В Чите раздаются голоса, призывающие распространить власть атамана до Урала, а омских генералов, включая Колчака, предать суду. Приближённые Семёнова прямо прочат его в сибирские диктаторы, а на возражения, что слишком многие будут этим недовольны, следует ответ: «Наплевать, мы эту сволочь всю перебьём!»
Столкнулись между собой не только две политические ориентации – на союзников и на Японию, не только две тенденции в Белом движении – вековая традиция российской государственности и столь же древняя стихия атаманщины, самозванчества, – но и два человека, хорошо знавшие и ненавидевшие друг друга. Одному сорок пять лет, он знаменитый адмирал, исследователь Арктики, автор учёных трудов, герой Порт-Артура, бывший командующий Черноморским флотом; то, что для него было национальной и личной трагедией, для другого, недавно ещё никому не известного, полного сил двадцативосьмилетнего полковника стало шансом на успех. Семёнов рвался к власти, сам взял её и не намерен был никому уступать ни части завоёванного; Колчак власти не хотел, но принял её из чувства гражданского, военного и человеческого долга, как принял бы любое другое поручение, если бы считал его полезным для спасения родины.
«Легенда о „железной воле“ Колчака, – писал Павел Николаевич Милюков, – очень скоро разрушилась, и люди, хотевшие видеть в нём диктатора, должны были разочароваться. Человек тонкой духовной организации, чрезвычайно впечатлительный, более всего склонный к углублённой кабинетной работе. Колчак влиял на людей своим моральным авторитетом, но не умел управлять ими».