Последнее по времени публичное столкновение Петра с Софьей произошло в июле 1689 года и было связано с торжеством но случаю возвращения Голицына из Крымского похода. Этот поход, как отмечалось выше, не принес славы ни ратным людям, ни их начальнику. Тем не менее Софья не скупилась на награды за сомнительные боевые подвиги, стремясь тем самым заручиться поддержкой стрельцов в надвигавшемся столкновении с Петром.
Петр демонстративно отказался от участия в пышных торжествах. Руководитель похода и другие военачальники, прибыв в Преображенское, даже не были приняты Петром. Эти действия Софья сочла прямым себе вызовом. Она апеллирует к стрельцам: «Годны ли мы вам? Буде годны, вы за нас стойте, а буде не годны — мы оставим государство». Последней частью фразы Софья подчеркивала скромность своих намерений. В действительности в Кремле, как и в Преображенском, велась лихорадочная подготовка к развязке. Она, как это часто бывает в напряженной обстановке, полной тревог и ожиданий, произошла совершенно неожиданно.
В ночь с 7 на 8 августа в Кремле поднялась тревога, стрельцы взялись за ружья: кто-то пустил слух, что потешные из Преображенского идут в Москву. Сторонники Петра среди московских стрельцов, не разобравшись в происходившем, сочли, что стрельцы готовятся не к обороне Кремля, а к походу в Преображенское. Мигом они помчались в резиденцию Петра, чтобы предупредить его о грозящей опасности. Тревога оказалась ложной, тем не менее слух вызвал цепную реакцию.
Петра разбудили, чтобы сообщить новость. Можно представить, какие мысли пронеслись в голове Петра и что он пережил в те недолгие секунды. Промелькнули события семилетней давности — разъяренная толпа вооруженных людей, бердыши, алебарды, пики, на острие которых сбрасывали с крыльца сторонников Нарышкиных. Решение, вызванное страхом за жизнь, было неожиданным — бежать. Бросился в одной рубашке в ближайшую рощу и в ночной тишине пытался уловить гул топота двигавшихся стрельцов. Но было тихо. Лихорадочно соображал, куда бежать. Ему принесли одежду и седло, привели коня, и он всю ночь в сопровождении трех человек скакал в Троице-Сергиев монастырь, за толстыми стенами которого семь лет назад укрывалась Софья.
В зрелые годы Петр был человеком большой отваги, много раз попадал в смертельно опасные переделки. Но в семнадцать лет он оставил жену и мать, кинул на произвол судьбы близких людей и потешных солдат, не подумав о том, что стены Троице-Сергиевой лавры, никем не защищаемые, не могли бы его спасти. Изнуренный долгой скачкой, Петр прибыл в монастырь утром 8 августа, бросился на постель и, обливаясь слезами, рассказал архимандриту о случившемся, прося защиты.