Положение дел на Востоке было таково, что Фридриху нельзя было ожидать помощи от тамошних христиан, которым мстительный Григорий IX переслал акт отлучения Фридриха от церкви вместе с запрещением повиноваться его приказаниям. Тем не менее, по прибытии в Акру в сентябре 1228 г. император немедленно приступил к переговорам о возвращении святых мест христианам. Почва для этих переговоров была приготовлена уже давно. Еще ранее он имел дружественные отношения с Алькамилем, еще в Сицилии он научился ценить арабов и имел при себе на службе многих мусульман. Таким образом, по прибытии на Восток император имел новые основания рассчитывать на переговоры с султаном Алькамилем и добиться от него решительных уступок. Он отправил к султану посольство с подарками и предлагал ему сдать христианам Иерусалим без войны. Султан ответил со своей стороны посольством и уверениями в дружбе, хотя уклонился от разрешения вопроса об Иерусалиме. Нужно было принять более решительные меры. С большим трудом победив упорство патриарха Иерусалимского и магистров рыцарских орденов, которые ссылались на акт отлучения Фридриха от церкви, он стал издавать приказы «во имя Бога и христианства» и тем побудил присоединиться к нему колеблющихся. Первая цель Фридриха была укрепить Яффу и сделать в ней укрепленный лагерь для действий против Иерусалима. Занимаясь приготовлениями к походу в Иерусалим, Фридрих продолжал обмениваться посольствами с Алькамилем и достиг того, что в феврале 1229 г. был заключен договор, которым мусульмане уступали христианам город Иерусалим с правом владеть им как своей собственностью, за исключением той части, где находится мечеть Омара; в эту последнюю остается свободный доступ для мусульман. Кроме Иерусалима султан уступал христианам Вифлеем, Назарет и весь путь от Иерусалима к Яффе и Акре. Взамен Фридрих давал обещание защищать султана от всех его врагов, хотя бы то были и христиане, и не допускать, чтобы князья Антиохии, Триполи и других сирийских городов нападали на султана. Этот мир был заключен на десять лет.
Крак де Шевалье
Нужно признать, что Фридрих этим договором достигал того, что не могли достигнуть участники Третьего похода, что не удалось ни Фридриху I, ни папе Иннокентию III, чего напрасно добивались христиане более сорока лет. Так и отнеслись к этому договору те, которые стояли вне борьбы императора с папой. Но не так отнеслись к этому приверженцы папской партии, которые увидели в переговорах Фридриха с султаном прямую измену христианству и не останавливались ни перед какими наветами против императора. Прежде всего патриарх иерусалимский Герольд, иоанниты и тамплиеры с крайним раздражением отнеслись к этому акту. Когда император в марте 1229 г. вступил в Иерусалим, возложил на себя корону в церкви Святого Гроба и объявил манифестом о радостном событии возвращения в руки христиан Иерусалима, то патриарх объявил запрещение совершать богослужение в святых местах, пока в городе находится отлученный император, в то же время из Италии было получено известие, что папа освободил итальянцев от присяги императору и ввел войска в Сицилийское королевство. Фридриху нужно было поспешить с возвращением в Европу. Высадившись в Бриндизи, он скоро возвратил к повиновению отложившиеся от него города и затем нанес несколько поражений папским отрядам. Несмотря на новые отлучения и на призыв бороться против врага веры и церкви, папа не получил подкреплений, и голос его не возбуждал ревности в Европе. Ему пришлось подчиниться. 23 июня 1230 г. был заключен мир в Сан-Джермано, по которому Григорий IX освобождал Фридриха от церковного отлучения и признавал его заслуги в деле крестового похода. Со своей стороны император отказался от своих завоеваний в римской области и предоставил духовенству сицилийского королевства свободу выборов на епископские кафедры.