Главнейшее внимание Фридриха было обращено на упрочение императорской власти в Италии. Но здесь ему предстояли серьезные затруднения столько же по отношению к светской власти папы, как и ввиду республиканских тенденций в среде северо-итальянского союза городов. Папе чрезвычайно опасны были стремления Фридриха ввести в южную Италию систему монархического устройства, так как это нарушало его сюзеренные права. На каждом шагу стали возникать недоразумения то по поводу назначения на вакантные епископские кафедры, то по поводу отношений императора к северо-итальянским городам. Пока был жив папа Гонорий III, отношения между государством и церковью еще более или менее поддерживались, но когда в 1227 г. папой сделался Григорий IX[234], дело дошло до полного разрыва. Для нового папы на первом плане стоял вопрос о том, чтобы осуществилось крестоносное предприятие, чтобы Фридриху не создавать затруднений, которые могли бы послужить для него отговоркой против личного похода в Святую Землю. Он помог ему устроить дело с ломбардским союзом и дружественными письмами поощрял его исполнить принятые им на себя обязанности «знаменосца христианства». Император старательно готовился к походу. Летом 1227 г. в Южную Италию начали приходить отряды из Франции, Англии и Ломбардии, особенно много выставляла на этот раз Германия. Так как посадка на суда назначена была в Бриндизи, то в городе и его окрестностях сосредоточились громадные массы народа, среди которых скоро обнаружились болезни вследствие недостатка в съестных припасах, лихорадок и летней жары. Крестоносцы стали умирать тысячами, многие от страха возвращались назад. В начале сентября император посадил однако на суда 40 тысяч человек и через несколько дней сам последовал за отрядом. Но болезнь не пощадила и самого Фридриха, и его спутника ландграфа Людвига Тюрингенского[235]. Вследствие этого Фридрих должен был вновь высадиться на берег и по совету врачей отложил поход до выздоровления.
Григорий IX, не обращая внимания на обстоятельства и не выслушав объяснения послов императора, 29 сентября с церковной кафедры произнес отлучение против ослушников церкви. Вместе с этим церковь бросила вызов светской власти; конечно, Григорий IX не за то подверг императора отлучению, что он в назначенный им срок не выступал в поход, а за то, что папство видело во Фридрихе своего врага, что боялось в нем найти опасного соперника для своих светских прав и считало необходимым отделаться от него. В окружном послании, извещая весь христианский мир об отлучении императора, папа изложил свой взгляд на вину Фридриха. Этот документ пропитан такой страстностью, что в нем императору приписаны такие поступки, которых никто не мог поставить ему в вину. В нем говорилось, что Фридрих умышленно довел крестоносцев до голода и заразы под Бриндизи, чтобы не допустить похода, что самая болезнь его – притворство, что он изменник веры Христовой. Фридрих отнесся к вызову папы с достоинством и сознанием своей правоты. Не прибегая к резкости, он опроверг все обвинения папы и заявил, что поход будет исполнен в следующем году. Несмотря на то, что в апреле 1228 г. умерла его супруга Изабелла – обстоятельство, которое могло бы служить извинением и для новой отсрочки, он в июне сел на корабль, сопровождаемый проклятиями папы, утверждавшего, что император – слуга Магомета и что он не крестоносец, а разбойник, которого истинный сын церкви не должен слушаться. При таком положении дела предпринятый Фридрихом поход не мог рассчитывать на успех, и вина за то, что Фридрих оказался связанным по рукам и по ногам, должна быть всецело отнесена на счет папы.