Работа Фишера в загранкомандировках была оценена положительно. По возвращении в Москву он получил повышение по службе и звание лейтенанта государственной безопасности. Будущее казалось безоблачным. И вдруг в последний день уходящего 1938 года ему сообщили, что руководство НКВД СССР без объяснения причин приняло решение об освобождении его от работы в органах. С позиций сегодняшнего дня ясно, что причиной увольнения Фишера послужило то, что он был наполовину немцем, родившимся в Англии и там же проведшим детские годы.
Вилли устроился на работу во Всесоюзную торговую палату. Позже перешел на авиационный завод, где проработал до начала Великой Отечественной войны.
В сентябре 1941 года Фишеру предложили вернуться в НКВД СССР. Вильям Генрихович дал согласие и был зачислен во вновь созданное подразделение, занимавшееся организацией боевых разведывательно-диверсионных групп и партизанских отрядов. Это была особая группа во главе с П.А. Судоплатовым, которая уже 13 октября 1941 года в связи с расширением объема работ была реорганизована во 2-й отдел НКВД СССР, затем, в 1942 году, — в 4-е Управление НКВД—НКГБ СССР, а в 1943 году — НКГБ СССР.
Здесь уместно, забегая вперед, рассказать, как это произошло.
Вскоре после окончания войны, когда Вилли Фишер после завершения в Белорусских лесах операции «Березино», вместе с другими товарищами — сотрудниками 4-го Управления НКГБ СССР — вернулся в Москву, руководство внешней разведки, учитывая его личные и деловые качества, а также опыт оперативной работы, приняло решение направить его на самый ответственный участок работы — в США. В ноябре 1948 года Вилли Фишер, получивший оперативный псевдоним «Марк», выехал в командировку, которая продлилась 14 лет.
«Марк» быстро и уверенно вошел в местную среду. К концу мая 1949 года все организационные вопросы были решены и он доложил о готовности приступить к выполнению разведывательных задач. Началась кропотливая работа по сбору интересующей Центр политической информации, созданию устойчивых каналов связи с Москвой. Со временем круг задач «Марка» расширился. В августе 1949 года за успешную работу он был награжден орденом Красного Знамени.
Чтобы разгрузить «Марка», занятого выполнением большого объема текущей работы и многих специальных заданий, Центр в 1952 году направил ему в помощь Хейханена (псевдоним «Вик»), кадрового сотрудника внешней разведки, прошедшего подготовку радистом нелегальной резидентуры.
К сожалению, «Вик» оказался слабым человеком. Четыре года, проведенные в Америке, привели его к предательству. «Вик» выдал «Марка» американцам, и спустя некоторое время тот был арестован.