Земли иоаннитов в виде командорств могли сдаваться в аренду рыцарям, которые ежегодно были обязаны вносить в кассу Ордена налоги за пользование землей - респонсии (responsion).
Командорства давались по старшинству. Рыцари-владельцы командорств именовались наставниками (praeceptores) или командорами - управляющими недвижимым имуществом Ордена, и руководили воспитательными заведениями, в которых готовились поступить в рыцари молодые дворяне. Позднее должности командоров стали даваться за особые заслуги.
Командоры подчинялись приорам, великим приорам и провинциалам. Приорства состояли из командорств и объединялись в судебные округа бальяжи. Судьи - бальи - делились на капитульских, монастырских и бальи по милости, или почетных.
Восемь главных сановников Ордена - пилиеры (pilieri или ballivi conventuales) выбирались из монастырских бальи в "столпы" Наций.
Великий Магистр - правящий государь Ордена - избирался пожизненно в течение трех дней после смерти своего предшественника рыцарями-выборщиками, провоевавшими не менее трех лет и не менее тринадцати лет служивших Ордену. Великий Магистр имел решающий голос во всех орденских делах, осуществлял все назначения на должности, и присваивал почетные звания. Великий Магистр имел право каждые пять лет выделять одно командорство тому, кому считал нужным, при условии открытой вакансии. Это командорство называлось магистральным, респонсии с которого шли непосредственно Великому Магистру.
Верховную власть Ордена осуществлял Священный Капитул, в первое время созывавшийся Великим Магистром раз в 3 года. Капитулу подчинялся постоянный Совет (consiglio ordinario), состоящий из Великого Магистра, восьми столпов, провинциальных приоров и капитульских бальи и осуществлявший управление Орденом.
Великий Магистр совместно с восемью столпами - начальниками Наций (Прованса, Оверни, Франции, Арагона, Кастилии, Италии, Англии, Германии) руководил Советом и Священным Капитулом Ордена.
Великий Командор (он же казначей) - столп Прованса - считался первым заместителем Великого Магистра ("потому что Герард, основатель Ордена, как некоторые утверждают, был из Прованса").
Великий Госпитальер (или гостеприимник) - столп Франции - ему надлежало нести ответственность за госпитали, врачей, ухаживающий персонал и приобретение медикаментов.
Великий Консерватор (или драпиер) - столп Арагона - был интендантом; в его обязанности входил также контроль ежегодных выплат рыцарям на их личные потребности.
Великий Канцлер - столп Кастилии - являлся министром иностранных дел, готовил все декреты и решения правительства Ордена и вместе с Великим Магистром подписывал их. Он также руководил государственным архивом.