Великий Адмирал - столп Италии - осуществлял командование всеми морскими судами Ордена, офицерами и рядовым составом экипажей, а также наемниками, служащими на кораблях. Снабжение вооруженных сил находилось в совместной компетенции Адмирала и Великого командора.
Великий Маршал - столп Оверни - командовал пехотинцами и был председателем третейского суда, разрешавшим разногласия между рыцарями.
Туркополиер - столп Англии - командовал кавалерией, караульными войсками и вспомогательными силами Ордена.
Великий Бальи - столп Германии - отвечал за сохранность оборонительных сооружений, обеспечение боеприпасами и продовольствием.
Позднее, в XV веке, в Ордене была введена должность Главного санитара - Инфермерария, считавшаяся одной из самых главных.
Подобное конституционно закрепленное разделение высших постов между различными Нациями позволяло достичь умелой и действенной концентрации сил при одновременном учете национальных особенностей, что не в последнюю очередь способствовало усилению Ордена.
Процветающее, независимое от светских князей, признанное уже в 1309 г. папой Климентом V, орденское государство подтвердило свои права в 1448 г., когда папа Николай V признал полную юрисдикцию Ордена над его территорией, независимость Ордена от папы в вопросах управления, финансовых вопросах, право обмена посольствами с другими государствами, международно-правовую свободу договоров и действий, право чеканить монету и взимать налоги.
Папа также признал Великого Магистра независимым, свободным князем, предоставив ему соответствующие привилегии и почести. Эти права Ордена были еще раз подтверждены папой Пием II (1458-1464 гг.) и папой Иннокентием VIII (1484-1492 гг.).
Владычество над Родосом вновь продемонстрировало двойственную природу Ордена: как религиозного ордена и одновременно как светского субъекта международного права, что и определяет то особое положение, которое Орден сохранил до сегодняшнего дня. Подчиненный в духовных вопросах Святому Престолу, Орден был, тем не менее, совершенно независим в решении политических и светских вопросов, как от Святого Престола, так и от западноевропейских христианских сеньоров. Итак, владение Родосом было поводом, но не причиной эмансипации Ордена в качестве наднациональной организации в общности народов и государств Западной Европы, определившей для него то особое место, в соответствии с которым он в течение нескольких веков является членом международно-правовой общности.
Флот иоаннитов
Находясь на Родосе, иоаннитские рыцари создали великолепный военный флот, переняв лучшие достижения моряков всего мира. Были построены большие галеры с обшивной броней и пятьюдесятью гребцами в двух рядах. На не зависящих от ветра галерах кроме нескольких рыцарей было 50 матросов и 200 солдат. Иоанниты применяли знаменитый "греческий огонь". Их самый большой корабль, построенный в XV веке - "Святая Анна" - по праву считался первым броненосцем. Иоанниты продолжали воевать как с турками, так и с мамелюками, совершая рейды на сирийское и ливанское побережье.