1 марта 1967 г. Гаррисон арестовал Клея Шоу, предъявив ему обвинение в заговоре с целью убийства Джона Кеннеди, и выпустил его под залог. А 14 марта состоялось предварительное слушание, которое должно было определить, есть ли достаточные доказательства и основания для привлечения Шоу к суду. На слушание собралось более двухсот корреспондентов и фоторепортеров.
Главный свидетель Джима Гаррисона двадцатипятилетний агент страховой компании Перри Руссо, который в течение нескольких лет близко знал Дэвида Ферри, рассказал, что в сентябре 1963 года он находился в гостях у последнего. Там также присутствовали Освальд и седой джентльмен, представившийся как Клей Бертран. Далее Руссо сказал, что Ферри, Освальд и Бертран в его присутствии договаривались о том, что надо убить президента Кеннеди.
Прокурор спросил Руссо:
— Нет ли в этом зале человека, которого вы знали как Клея Бертрана?
— Да, он здесь, — ответил свидетель.
Затем Руссо подошел к столу защиты и указал на крупного человека с военной выправкой. Это был Клей Шоу, богач, известный всему Новому Орлеану.
Три дня защитники Шоу старались оклеветать Руссо, но на четвертый день судьи Бегерт, О'Хара и Бренифф единогласно решили, что есть достаточно доказательств, чтобы отдать Шоу под суд за участие в заговоре с целью убийства президента Кеннеди.
Защитники Шоу всеми средствами затягивали начало суда. В этом им помогали судебные власти Нового Орлеана, а также ЦРУ и ФБР. Разгорелась жестокая схватка. Гаррисон добивался скорого суда, а его противники вставляли палки в колеса. Силы оказались явно неравными. Гаррисон имел всего двух помощников, поэтому он решил привлечь добровольцев, которые могли бы ему помочь. Воспользовавшись этим, ФБР и ЦРУ в качестве таких «добровольцев» подобрали своих людей. Они уничтожали или похищали материалы следствия. За два года им удалось украсть большую часть важнейших документов.
Гаррисон кроме Перри Руссо сумел найти еще нескольких свидетелей, которые помогли выявить картину заговора, но часть из них вскоре после встреч с прокурором погибли при загадочных обстоятельствах. Покончил жизнь самоубийством заговорщик и помощник Шоу и Бэннистера кадровый сотрудник ЦРУ Дэвид Ферри. Другой их помощник, тоже агент разведки, Гордон Новел исчез из Нового Орлеана.
Самого Гаррисона средства массовой информации всячески травили, обвиняя в самых немыслимых грехах. В письмах и по телефону ему не раз угрожали расправой.
На основании полученных документов и свидетельских показаний Гаррисон пришел к выводу, что президент был убит профессиональными террористами в результате тщательно подготовленного заговора.