Великий магистр избирался Великим (или Всеобщим) капитулом и исполнял свои обязанности до своей смерти или отставки. Процесс выборов был строгим и сложным. Второй в ордене человек после предыдущего Великого магистра (впоследствии Гроссмейстера) назначал дату и место встречи всех рыцарей из близлежащих окрестностей, которые освобождались на это время от обязанностей. Кроме того, вызывали представителей из более отдаленных местностей. Когда высшее руководство и представители были в сборе, этот заместитель рекомендовал рыцаря, который станет первым выборщиком. Если собравшиеся одобряли этот выбор, тот рыцарь называл второго выборщика, и каждый голосовал, одобряя его или требуя представить на рассмотрение другое имя, и так до тех пор, пока соглашение не будет достигнуто. Затем двое выбирали следующего, и собравшиеся соглашались или нет, до тех пор, пока восемь рыцарей, один священник и четверо братьев низшего ранга не оказывались избранными в качестве окончательных выборщиков. Затем выборная коллегия давала клятву исполнять свои обязанности без предубеждения или предварительного сговора и выбрать наилучшего человека, пригодного для вакантной должности. На закрытом заседании первый выборщик давал коллегии первоначальную рекомендацию. Если этот кандидат не набирал большинства голосов, то затем кто-то другой, в свою очередь, предлагал другое имя, до тех пор пока выбор не был сделан. Когда коллегия оглашала свое решение капитулу, священники начинали петь «ТЕ DEUM LAUDAMUS» и сопровождали нового магистра к алтарю, чтобы привести его к клятве в новом звании.
Гроссмейстер выполнял в первую очередь функции дипломата и управляющего хозяйством. Выборы обычно возносили его над статусом, которым он обладал по праву рождения. Он встречался со знатными людьми и церковниками из мест, где протекала деятельность ордена, вел пространную переписку с более отдаленными монархами и прелатами, включая императора и папу. Он много путешествовал, посещая различные монастыри ордена, проверяя дисциплину и следя, чтобы ресурсами должным образом распоряжались.
Гроссмейстер назначал чиновников, которые были его ближайшими советниками. Гроссмейстер, главнокомандующий военными силами ордена в Святой земле и казначей разделяли ответственность за три ключа к огромному сундуку, в котором хранились сокровища ордена. Эта ответственность подчеркивала пределы власти, вручавшейся одному человеку, какой бы пост он ни занимал. Важные решения всегда принимались группой людей, часто Великим магистром и его подчиненными, но часто также и по решению Великого капитула.