К этому времени Ягайло уже был не в силах продолжать осаду. Мариенбург оставался неприступным, пока его гарнизон сохранял свой боевой дух, а фон Плауэн заботился о том, чтобы его наспех собранные войска сохраняли желание сражаться. Более того, гарнизон замка был воодушевлен уходом литовцев и новостями о победах ордена. Так что, хотя запасы и истощались, осажденные черпали свой оптимизм из добрых вестей. Их подбадривало и то, что их ганзейские союзники контролируют реки. Тем временем польские рыцари побуждали короля возвращаться домой – срок, который они должны были служить по своим вассальным обязанностям, давно истек. В польской армии не хватало припасов, среди воинов начались болезни. В конце концов, Ягайло не оставалось ничего иного, кроме как признать, что средства защиты по-прежнему торжествуют над средствами нападения: кирпичную крепость, окруженную водными преградами, можно было взять лишь длительной осадой, и даже тогда, вероятно, лишь с помощью счастливого стечения обстоятельств или предательства. У Ягайло же в тот момент не было ни сил, ни провианта для продолжения осады, да и в будущем не было на это надежды.
После восьми недель осады, 19 сентября, король дал приказ к отступлению. Он возвел хорошо укрепленную крепость возле Штума, к югу от Мариенбурга, снабдил ее многочисленным гарнизоном из своих лучших войск и собрал там все припасы, что мог набрать по окрестным землям. После чего Ягайло приказал сжечь все поля и амбары вокруг новой крепости, чтобы затруднить тевтонским рыцарям сбор провианта для осады. Удерживая крепость в самом сердце Пруссии, король надеялся оказывать давление на своих врагов. Существование крепости также должно было ободрить и защитить тех из горожан и землевладельцев, которые перешли на его сторону. По пути в Польшу он остановился у гробницы Святой Доротеи в Мариенвердере, чтобы помолиться. Ягайло нынче был очень набожным христианином. Помимо набожности, сомнения в которой возникали из-за его языческого и православного прошлого и которые Ягайло старался всячески искоренить, ему нужно было продемонстрировать общественности, что он использовал православные и мусульманские войска лишь как наемников.
Когда польские войска отступили из Пруссии, история повторилась. Почти за два века до этого именно поляки несли на себе бремя значительной части сражений, но тевтонские рыцари постепенно завладели этими землями потому, что как тогда, так и теперь слишком мало польских рыцарей желало остаться в Пруссии и защищать ее для своего короля. У рыцарей ордена терпения было больше: благодаря этому они пережили катастрофу при Танненберге.