Перечислять детали слишком утомительно, однако они демонстрируют, с каким тщанием обе стороны подошли к соглашению. 28 ноября 1561 года Ливонский орден был секуляризирован, а 5 марта 1562 года магистр Кеттлер сообщил об этом миру. Отныне он был герцогом Готтхардом Курляндским, а Ливонский орден прекратил свое существование.
Два десятилетия последовавшей за этим войны можно разделить на три периода. Первым была семилетняя (1563-1570) война в основном между Данией и Швецией. После того как шведская аристократия свергла своего безумного монарха и приняла политику, более благосклонную к Польше, влияние Дании в Ливонии практически исчезло и две державы – Швеция и Польша – объединились против русского царя. В последующий период, также продлившийся семь лет, Ивану IV почти удалось изгнать своих противников из Ливонии, но к этому моменту против него объединились все. Иван, впрочем, был себе самым страшным врагом, уничтожая своих военачальников и терроризируя знать и подданных. Так что все победы, достигнутые русскими и татарскими командующими в это время, были совершены скорее вопреки деяниям царя, чем благодаря им. Конечно же, у него не хватало войск для того, чтобы одновременно и воевать в Ливонии, и отражать нападения крымских татар. Вполне резонно Иван предпочел борьбу с крымскими татарами. Устранение главного военного противника открыло путь последующему продвижению русских на юг. Тем временем в течение трех лет после 1578 года Стефан Баторий, новоизбранный польский монарх, решил проблемы с турками, столь занимавшие его ранее на южных границах Польши. Приведя на север свои испытанные войска, великий король-генерал изгнал русские войска из Ливонии и отвоевал некоторые русские земли, ранее принадлежавшие Литве. Шведы присоединились к этому наступлению, заняв Эстонию и русское побережье вплоть до устья Невы. В 1582 году Иван IV, разоренный, утомленный и психически больной, признал свое поражение и подписал мирный договор, согласно которому Ливония осталась в руках западных держав еще на век.
Для шведов и поляков такое развитие событий отнюдь не было наилучшим. Война втянула их в отдаленные земли, истощила их людские и материальные ресурсы и заложила основы для будущих столкновений.
Для Руси этот договор означал еще один век слабости и изолированности; страна лишилась тех связей в Европе, которые могли уравновесить азиатское влияние на ее культуру и политику. Разочарованный исходом войны царь вскоре скончался, оставив страну совершенно дезорганизованной. Для Ливонии этот договор послужил началом многовековых конфликтов, в ходе которых эта страна из важной, пусть и отдаленной, части Западной Европы превратилась в незначительную провинцию Европы Восточной. Вскоре Ливония будет практически забыта, оставшись лишь примечанием в биографиях великих людей.