Сохранившиеся биографические сведения древних авторов о Фукидиде во многом имеют недостоверный характер. Частично биографию Фукидида можно пересмотреть, исходя из текста его «Истории». Так, например, Фукидид указывает на то, что он пережил Пелопоннесскую войну, продолжавшуюся с 431 по 404 год до н э., и часть его труда написана уже после ее окончания. Дату его рождения тоже можно определить более-менее точно. Он пишет, что на должность стратега был избран в возрасте 47 лет, а случилось это в 424—423 годах до н э.
Итак, датой рождения Фукидида условно можно принять 460 год до н э. Происходил он из знатной и богатой семьи. Его отец, Олор, был прямым потомком фракийского царя Олора. Мать и бабка Фукидида также принадлежали к фракийской аристократии. Про него писали, что он принадлежал к «Кимонову дому», то есть был родственником Мильтиада – победителя персов при Марафоне, и его сына Кимона – знаменитого греческого полководца. Действительно, Фукидид был типичным афинским эвпатридом, то есть «имеющим благородного отца» – аристократом. Семья его владела обширными поместьями и золотыми рудниками во Фракии.
О детстве Фукидида и годах учебы сведений не сохранилось. Правда, у древних авторов есть сведения о встрече молодого Фукидида и Геродота. Юноша присутствовал на одном из публичных чтений «Истории» Геродота и не мог удержаться от слез восхищения. Геродот обратил на него внимание, а его отцу, Олору, он принес поздравления с тем, что тот имеет сына, стремящегося всем сердцем к знаниям. Известно также, что Фукидид учился в Афинах у оратора Антифонта и был близок к софистам – платным преподавателям красноречия и всевозможных знаний – Протагору и Горгии. Большое влияние на его развитие оказал и философ Анаксагор.
Находясь в Афинах в первые годы Пелопоннесской войны, Фукидид стал свидетелем борьбы политических партий. Война явилась следствием растущего соперничества между Пелопоннесским союзом, возглавлявшимся Спартой, и Афинами – двумя мощными политическими центрами Древней Греции. Она была и ярким проявлением конфликта между демократией и олигархией – режимами, которые господствовали в Спарте и Афинах. Сам Фукидид по своим политическим взглядам был скорее приверженцем демократии, хотя весьма умеренным. Он поддерживал сторонников партии Перикла, а самому Периклу досталось немало лестных слов в «Истории».
На второй год войны в Афинах разразилась эпидемия чумы. Болезнь коснулась и Фукидида, но ему удалось быстро оправиться и избежать наиболее тяжелых осложнений.