Истощение ресурсов уже в начале войны должно было привести к открытию мирных переговоров, если бы не грубая политическая ошибка Карла I, заключившего перемирие с ирландскими повстанцами. Это перемирие, преследовавшее целью подчинить католическую Ирландию протестантской Англии, привело лишь к усилению Шотландии, вступившей в борьбу против короля. Ободренные тем, что шотландская армия выступила против роялистов на севере, сторонники парламента снова сосредоточили свои силы для наступления на главную укрепленную базу роялистов – Оксфорд и окружающие его города. Это наступление не принесло парламенту никаких ощутимых результатов и закончилось лишь захватом нескольких удаленных от Оксфорда крепостей.
Карлу I даже удалось срочно направить Руперта на помощь северным роялистам, действующим против шотландских войск. Однако вскоре произошло сражение при Марстон-Муре (2 июля 1644 года), где Кромвель во главе своего 26-тысячного драгунского отряда решил исход сражения блестящей победой над роялистами. Поражение при Марстон-Муре сразу же нейтрализовало благоприятно сложившуюся для Карла I обстановку, однако руководители парламента не воспользовались плодами этой победы. Среди них возникли разногласия, а в самом парламенте образовалась партия, настаивавшая на примирении с королем и на прекращении войны.
Многие парламентские генералы, стоявшие во главе отдельных армий, лишь номинально объединенных под властью лорда Эссекса, сознательно бездействовали, давая Карлу I возможность привести в порядок свои расстроенные войска.
Считая невозможным идти на какие-либо уступки королю, Кромвель с удвоенной энергией вступил в борьбу со своими противниками в парламенте. Настаивая на необходимости вести войну до конца, Кромвель не остановился перед прямым обвинением Манчестера и других генералов в преступной медлительности и в измене парламентскому делу. Указывая на всю опасность той организации парламентской армии, при которой каждый отряд, собранный на средства отдельных генералов, мог действовать почти независимо от других отрядов, Кромвель предложил создать единую парламентскую армию, общее командование которой было бы фактически сосредоточено в руках одного лица. Содержаться подобная армия должна была исключительно на средства государственного казначейства.
После долгой и трудной борьбы в парламенте Кромвелю удалось провести эту реформу. Кроме того, он добился принятия достаточно важного постановления, согласно которому члены обеих палат были лишены права занимать высшие военные должности. Это заставило всех членов парламента, противников Кромвеля, командовавших армиями, подать в отставку.