В начале 1644 года, заключив союз со Швецией и Францией и получив обещание помощи от султана, Юрий двинулся в Венгрию на защиту ее политической и религиозной свободы во главе 30-тысячного войска. Заняв большую часть Словакии, Ракоци в следующем году соединился со шведскими войсками, осаждавшими Брно (Брюнн). Дальнейший совместный поход Ракоци и шведских войск против Вены был сорван австрийской дипломатией, добившейся от турецкого султана запрещения похода под угрозой военного вторжения в Трансильванию. Результатом успешных сражений против габсбургских войск стало заключение Линцского мира. Согласно этому договору, была объявлена свобода протестантского богослужения и возвращены отнятые у протестантской церкви доходы. Сам Ракоци получил пять венгерских комитатов.
При Юрии Ракоци были установлены дружественные связи Трансильвании с Богданом Хмельницким, в чьей поддержке Ракоци был заинтересован, поскольку претендовал в 1648 году на польскую корону.
После Линцского мира Ракоци отказался платить дань султану Ибрагиму. Тот хотел наказать Ракоци, но вскоре неожиданно скончался, а его преемник Магомед II не решился на войну. На короткое время Трансильвания стала свободной, но в том же 1648 году Юрий скончался.
Ему наследовал его сын Юрий II, вновь оказавшийся в вассальной зависимости от Турции. Он решил сделаться польским королем, как раньше сделался господарем Валахии и Молдавии, но это ему не удалось, а затруднения, испытанные при этом, превратили его в ярого врага Польши. В 1657 году он заключил союз со шведским королем и начал войну с Польшей, несмотря на требование султана прекратить военные действия. Но война была неудачной, и Юрий должен был заключить постыдный мир. По требованию султана он был низложен, и трансильванским князем был выбран Редей.
В следующем году Юрий воспользовался смутами в Турции и с утверждением сейма вновь сделался князем Трансильвании. В Турции в это время великим визирем был воинственный Кеприни, который вторгся в Трансильванию и страшно опустошил ее. Трансильванским князем был назначен Борчай, с которым у Юрия разгорелась война. В сражении у Самошфальви Ракоци был смертельно ранен.
Сын его Ференц I, лишенный княжеского трона, сблизился с венгерскими протестантами, которые готовили заговор против императора. Однако заговор скоро был открыт, его участники были обманом заманены в Вену и там казнены. Сам Ференц Ракоци спасся от смерти только благодаря своей матери Софии Батори, ревностной католичке, заметной фигуре при дворе.
Сын Ференца I, Ференц II Ракоци, стал наиболее значительным представителем этого рода. Его матерью была Илона Зриньи, которая, потеряв мужа, вышла замуж за великого борца за венгерскую независимость Имре Текели.