Восстание, поднятое Текели, окончилось неудачей. Австрия не только удержала за собой Венгрию, но и заставила Турцию отказаться от Трансильвании. Текели бежал в Турцию, а Ференц, по условиям капитуляции (1688) крепости Мункач – родового замка Ракоци – был отнят у матери и отдан на воспитание в иезуитскую школу. Опекуном Ракоци был кардинал Леопольд Колонич, который взял на себя труд «приучить мальчика верности и любви к своему естественному господину и наследственному королю». Школа находилась в Чехии, в монастыре, и воспитание там проходило в строгом католическом духе.
Однако иезуиты не могли изменить свободолюбивый характер Ракоци, а непримиримая вражда к австрийскому дому была семейной традицией рода – дед, отец, мать и отчим Ференца были активными участниками и руководителями антигабсбургских выступлений. Но в Вене считали Ференца Ракоци «надежным человеком». Он получил прекрасное образование сначала в Пражском университете, а затем в Италии. В Германии ему присвоили громкий титул «имперского князя», и он женился на герцогине Амалии Гессен-Рейнфельз, немецкой принцессе, связанной кровными узами с французским королевским двором, что для Ракоци в дальнейшем имело большие политические последствия. Став в 1692 году главою комитата Шарош, Ракоци начал готовить восстание в Венгрии и завел связи с Версальским двором.
В 1697 году Ракоци получил предложение возглавить восстание против Габсбургов, но он понимал, что время для решительных действий еще не пришло – ни он сам, ни дворянство еще не были готовы к открытому разрыву с династией. Поэтому в период восстания 1697 года Ракоци сохранил видимую верность императору.
Учитывая опыт прошлой борьбы венгров, Ракоци начал искать сильного союзника, который мог бы поддержать его в борьбе за свободу Венгрии. Таким союзником для него представлялся французский монарх Людовик XIV, не испытывающий к австрийским Габсбургам «нежных» чувств и являвшийся их соперником в войне за испанское наследство (1701). Ракоци вступил с ним в тайную переписку. Он предлагал Людовику помочь ему, Ракоци, заключить польско-венгерский союз с Августом Саксонским и нейтрализовать османов, так как и на Польшу, и на Турцию Людовик имел большое влияние. Вскоре, однако, эта переписка попала в руки австрийских властей, и заговор был раскрыт. Ракоци был арестован и посажен в тюрьму, где 30 лет назад был обезглавлен его дед по линии матери Зриньи. Но благодаря жене Ференц бежал из тюрьмы и нашел убежище в Польше, где его приютили магнаты, придерживающиеся французской ориентации. На родине Ракоци заочно был приговорен к смертной казни.