При жизни патриарха Филарета Салтыковы находились в «заточении необратимом», а после его смерти сразу же возвращены ко двору с прежними чинами и званиями.
В годы царствования Алексея Михайловича ближайшим его доверенным лицом стал боярин Петр Михайлович Салтыков. Он стоял во главе многих приказов – Денежного сбора, Судного, Владимирского, Большой казны. Петр Михайлович был назначен царем главой комиссии по расследованию дела патриарха Никона. Во время стрелецкого восстания 1682 года сын Петра Михайловича, Федор, был убит стрельцами по ошибке. Стрельцы сами принесли отцу тело сына и ждали сурового наказания. «Божья воля», – сказал Салтыков и велел угостить пришедших стрельцов вином.
В конце XVII века род Салтыковых снова породнился с Романовыми благодаря браку Прасковьи Федоровны Салтыковой с сыном Алексея Михайловича Иваном, ставшим царем Иваном V, соправителем Петра I. Царица Прасковья была воспитана традиционно и едва знала грамоту. Брак с Иваном V дал ей пятерых дочерей, с которыми она проживала в селе Измайлове после кончины супруга. Взаимоотношения с Петром I у царицы Прасковьи сложились хорошие, хотя молодой государь критиковал ее за предрассудки и суеверие, говорил, что ее двор похож на «гошпиталь уродов, ханжей и пустосвятов». Прасковья Федоровна не всегда понимала и соглашалась с его деятельностью, но сознавала необходимость проводимых Петром преобразований и умела к ним приспосабливаться. За это Петр многое прощал невестке, питал к ней уважение и любовь.
В графское достоинство род Салтыковых был возведен в годы правления Анны Иоанновны. Первым графом в роду в 1730 году стал родной дядя императрицы Василий Федорович Салтыков.
Тремя годами позже графское достоинство получил один из самых знаменитых военных деятелей XVIII века Петр Семенович Салтыков.
Родился он 11 декабря 1698 года в семье генерал-аншефа Семена Андреевича Салтыкова и Феклы Яковлевны, урожденной Волынской. Благодаря своему происхождению Петру Салтыкову уже заранее была обеспечена блестящая карьера. Получив хорошее домашнее образование, он начал свою службу в 1714 году рядовым Преображенского полка, решив стать военным, как и отец. Но в том же году он был отправлен Петром I во Францию для обучения морскому делу. Прожив во Франции около 15 лет, он вернулся в Россию. Однако во флоте Салтыков служить не стал и вернулся на службу в гвардию.
На российский престол в это время взошла императрица Анна Иоанновна, и Салтыков, будучи уже капитаном гвардии, стал одним из тех, кто способствовал восстановлению ее самодержавной власти, выступая против «верховников». Это сблизило Салтыкова с императрицей, и он был переименован в действительные камергеры, а в 1733 году вместе с отцом получил графское достоинство.