3 марта 1946 г. НКВД и НКГБ были преобразованы в Министерство внутренних дел СССР (МВД) и Министерство государственной безопасности СССР (МГБ). 5 марта 1953 г. МВД и МГБ были объединены в одно МВД. Такие же кадровые изменения произошли и в УССР.
С лета 1946 г. против ОУН-УПА началось проведение широкомасштабных акций силами всех подразделений и органов МВД УССР. К этому привлекалось и местное население, которое иногда и силой загоняли в истребительные батальоны. К июню 1946 г. в этих батальонах насчитывалось до 35 тысяч человек.
Согласно директиве МВД УССР от 15 июля 1946 г., в западных областях Украины были введены формы действий, характерные для МГБ, как то: физическое уничтожение руководителей подполья ОУН и командования УПА с помощью агентов-боевиков; создание «параллельной агентурной сети» (деятельность секретных сотрудников МВД, МГБ и их агентов под видом подполья ОУН); перевод многих оперативников в категорию «негласных работников» (обычно они работали под видом представителей всевозможных заготовительных организаций или добровольных товариществ в больших городах, имея агентуру численностью 30–40 человек в прилегающих районах).
28 января 1947 г. вышло секретное постановление Совмина СССР, по которому вся дальнейшая борьба с националистическими движениями относилась исключительно к компетенции органов госбезопасности. Принятые от МВД западных областей Украины отделы по борьбе с бандитизмом и отделения второго отдела МВД УССР были реорганизованы в единые отделы. Всего МГБ было передано 1617 оперативных работников, агентурная сеть численностью 17 945 человек, оперативный учет на 12 714 участников подполья, оперативные внутренние войска МВД (более 25 тысяч человек), а также истребительные батальоны (свыше 35 тысяч человек). В органах же МВД на Западной Украине осталось всего 312 человек оперативного состава уголовного розыска милиции. То есть в каждом из 206 административных сельских районов работой по борьбе с уголовной преступностью занимался один оперативник уголовного розыска и по одному участковому уполномоченному на три-пять сел.
Постепенно НКВД и партийные органы стали привлекать к борьбе с бандитами и население Западной Украины. В соответствии с решением ЦК КП(б) Украины от 1 июня 1948 г. с целью «охраны государственной и кооперативно-колхозной собственности и сельского актива» органы МВД стали создавать вооруженные группы для охраны общественного порядка (ГООП). Истребительные батальоны, подчиненные МГБ, ликвидировались, а их личный состав вместе с вооружением передавался в ГООП. На 1 января 1949 г. в УССР действовало уже 6437 таких групп общей численностью 86 527 человек. Поначалу их вооружили трофейным оружием, а затем ГООП получили 15 тысяч винтовок со складов МВД СССР. Всего в ГООП насчитывалось 50 226 единиц оружия, в том числе 330 ручных пулеметов, почти 3 тысячи автоматов, 46 тысяч винтовок, более тысячи пистолетов.