5 июля 1941 года его назначают начальником отдела (а впоследствии управления), который занимался организацией партизанского движения и диверсионной работой в тылу врага. Борьба с оуновским подпольем на Украине до войны и после нее, борьба с троцкизмом в 1930 – 1938 годах, крупнейшие оперативно-тактические игры второй мировой войны «Монастырь» и «Березино» и, наконец, организация работы по производству атомного оружия в Советском Союзе – все это напрямую связано с именем П. А. Судоплатова. Ему приходилось несколько раз встречаться с И. В. Сталиным для обсуждения вопросов оперативно-политического характера.
В 1953 году после смерти Сталина Судоплатов как «пособник Берия» был арестован и осужден на 15 лет. Закрытый суд над ним проходил под девизом «Ни слова о Хрущеве».
Все 15 лет заключения во Владимирской тюрьме П. А. Судоплатов вел борьбу за свое освобождение и реабилитацию.
Слишком трудно вместить жизнь легендарного человека в несколько строк. Невольно приходится выбирать лишь основное, главное. Размышляя об этом периоде истории внешней разведки в связи с именем П. А. Судоплатова, я отметил, что из всей богатой событиями его жизни четко выделяются три периода: первый – непосредственное участие в качестве нелегального сотрудника в борьбе с оуновским подпольем, а в дальнейшем руководство этой работой; второй – организация и руководство партизанским движением и диверсионной работой в тылу врага и третий – контроль и оказание помощи в производстве атомного оружия в нашей стране.
Вопрос борьбы советской власти с украинскими националистами – сложен и многогранен. Прежде всего отметим неоднородность социальной среды. Если рядовые члены ОУН были искренними сторонниками национальной независимости Украины, то их главари – фашистскими ставленниками, получавшими от Гитлера моральную и материальную поддержку.
К середине 30-х годов организация украинских националистов (ОУН) по сути выполняла роль спецслужбы украинского правительства в эмиграции, была укомплектована офицерами австрийской армии и немецкими офицерами. Финансировалась абвером. Ее лидер Евгений Коновалец неоднократно встречался с Гитлером. В нацистской высшей партийной школе в Берлине несколько мест было «забронировано» для членов ОУН. Штаб-квартира ОУН располагалась в Берлине под вывеской этнографического музея, а ее филиалы находились во многих европейских столицах, в США, на Дальнем Востоке.
Надо сказать, что украинские чекисты в 1921 году вышли на человека, который был оставлен Коновальцем для нелегальной работы на Украине. С его помощью в Москве решили расколоть ОУН изнутри.