Затем, воспользовавшись династическим спором при испанском дворе, Наполеон сместил испанского короля и «назначил» на его место своего брата Жозефа. Сделано это было так: на испанском престоле сидел Карл IV, слабый и глупый человек, всецело находившийся под влиянием своей жены и ее фаворита, дона Годоя. Король, королева и Годой находились в непримиримой вражде с наследником престола Фердинандом. Очень популярна среди испанцев была идея о женитьбе Фердинанда на какой-нибудь родственнице Наполеона. Однако у Бонапарта были совсем другие планы. Маршал Мюрат с французской армией в 80 тысяч человек пошел на Мадрид. Сначала Карл IV, его жена и Годой решили бежать из столицы, но были задержаны возмутившимся народом. Короля заставили отказаться от престола в пользу сына Фердинанда. Но Наполеон не признал этого факта и вытребовал всю семью испанских Бурбонов к себе, во Францию, в город Байонну. Он взял на себя роль верховного судьи, который окончательно рассудит и решит, кто прав, а кто виноват, и кому сидеть на испанском троне. Собрав отца и сына в одном зале, Наполеон к их неописуемому удивлению потребовал, чтобы Карл IV и Фердинанд отказались от испанского престола и предоставили ему, право распорядиться Испанией. Отказаться Бурбоны уже не могли.
Через пару дней, Наполеон приказал своему брату Жозефу, королю неаполитанскому, переехать в Мадрид и быть отныне королем испанским, а своему маршалу Мюрату стать соответственно королем неаполитанским. Очень просто и ясно. Казалось бы, теперь блокада Англии будет полной. Одного только не учел Наполеон – реакции на такие перестановки самих испанцев. Теперь для них становился ясен замысел Бонапарта: коварно заманив в Байонну всю династию, объявить ее низложенной, а Испанию фактически присоединить к Франции. В ответ на династический произвол Наполеона в Мадриде вспыхнуло восстание. Впоследствии Наполеон признавал, что вся его испанская политика была ошибкой, но это будет много позже. На борьбу с французами поднялось все население, и началась народная партизанская война «герилья». Своей ожесточенностью эта война превзошла все виденное ранее. Обе стороны не брали пленных, убивая захваченных с особой жестокостью. Испанцы распинали французских солдат, выкалывали им глаза и распарывали животы. Солдаты Наполеона от них не отставали. Маршал Мюрат, подавлявший восстание в Мадриде, писал Бонапарту, что он собственноручно застрелил 120 человек. Страну удалось на время замирить и то, только вокруг больших городов. Партизанская война в Испании продолжалась до самого конца наполеоновской империи, превратив ее в «кладбище репутаций». Если бы в то время провели Нюрнбергский процесс, можно не сомневаться, что парочку французских маршалов непременно бы повесили.