С созданием нового Словацкого государства остро встал вопрос о создании собственных вооруженных сил. При этом словацкая армия столкнулась с несколькими серьезными проблемами. Прежде всего катастрофически не хватало современного оружия и техники. Немцы захватили все склады бывшей чехословацкой армии, расположенные главным образом на территории Богемии и Моравии. Другой, не менее важной проблемой являлось отсутствие опытных офицерских и унтер-офицерских кадров. Чтобы как-то восполнить этот пробел, часть словацких офицеров направили на обучение в Германию.
Таким образом усиливалось немецкое влияние в словацкой армии. В министерстве обороны находился немецкий генерал в качестве советника. Германская военная миссия, которой руководил генерал Отто, имела своих представителей в Братиславе, Банской-Бистрице и в других городах. Для словацких офицеров в Германии были организованы курсы повышения квалификации.
Председатель Совета министров Словакии Войтех Тука 12 ноября 1942 года публично заявил, что Словакия стала союзницей Германии, потому что Германия оказывает словакам помощь в обучении студентов, снабжает Словакию промышленными товарами. Но за это она потребовала послать словацкие войска на Восточный фронт и отдать часть своей территории соседней Венгрии.
Словакия стала единственным государством из союзников Германии, принявшим участие в боевых действиях против Польши. Еще во время разработки плана операции «Weiss» («Вайс») германский Генеральный штаб запросил у Тисо поддержки словацкой армии. Несмотря на то, что словацкие вооруженные силы были совсем недавно созданы, они сумели выставить две небольшие боевые группы. Первая группа (по численности соответствовала бригаде) состояла из шести пехотных батальонов, двух артиллерийских батальонов и роты саперов. Командовал ею генерал Антон Пуланич. Вторая группа представляла собой мобильное соединение, состоявшее из двух смешанных кавалерийско-мотоциклетных батальонов и девяти моторизованных артиллерийских батарей (термин «моторизованные» подразумевает, что орудия перевозились на механической тяге). Командир – генерал Густав Малар. Общее руководство этими войсками осуществляли штабы 1-й и 3-й пехотных дивизий. Словацкие части вступили в бой в южных районах Польши, когда преодолевали горные перевалы Новый Саж и Дукельский, продвигаясь в направлении Дебицы и Тарнува. С воздуха их поддерживали самолеты словацкого авиаполка.
По завершении польской кампании в Вооруженных силах Словакии прошла большая реорганизация. При этом в ВВС к 1 января 1940 года расформировали старые эскадрильи и на их базе создали новые: 4 разведывательные (1, 2, 3, 6-я) и 3 истребительные (11, 12, 13-я). Они по-прежнему были сведены в три авиаполка. Командующим ВВС стал полковник Генерального штаба Р. Пилфоусек. Самолетный парк ВВС насчитывал 139 боевых и 60 вспомогательных машин. Все авиачасти распределили по трем районам, на которые в военном отношении была разбита территория страны. Данная структура оказалась неудачной, и уже в мае вновь пришлось заниматься реорганизацией. Было создано Командование воздушными войсками, которое возглавил генерал Пуланих. Ему подчинялись ВВС, зенитная артиллерия и служба наблюдения и связи. Полк решили восстановить, 6-ю эскадрилью расформировать, а ее самолеты и личный состав распределить по другим частям. В итоге к 1 мая 1941 года в боевом составе осталось всего 2 полка – 1-й разведывательный (эскадрильи 1, 2, 3-я) и 2-й истребительный (эскадрильи 11, 12и 13-я).