Берли на некоторое время был обманут фальшивыми письмами. Однако его поразил наглый тон книги Лесли, за которым должны были скрываться какие-то далеко идущие планы. Кроме того, подозрительность министра питали и донесения посланного им во Фландрию разведчика Джона Ли. Он выдавал себя за католика, бежавшего от правительственных преследований, и втерся в круг католических дворян, эмигрировавших из Англии и активно участвовавших в заговорах против Елизаветы. Но Берли не любил ненужной поспешности. Он придерживался принципа "бросать камень так, чтобы не было видно кинувшей его руки". Из предосторожности он отправил Байи в тюрьму Маршальси, хотя узнавший об этом Лесли тщетно доказывал, что фламандец является его слугой и пользуется дипломатическим иммунитетом.
Берли решил продолжать игру и перехитрить своих врагов. Главным его козырем были арест Байи и опасение Лесли и дона Герау, что их связной сообщит что-либо противоречащее той версии, которую они довели до сведения Берли с помощью фальшивых писем. Берли ожидал, что будут предприняты попытки установить связь с Байи, и не ошибся в своих предположениях. Сначала дон Герау послал верного человека к фламандцу, потом Лесли направил к нему ирландского священника. Оба они не вернулись. А тут неожиданно подвернулось счастливое обстоятельство...
Темной ночью в мрачную сырую камеру, где на вязанке соломы лежал, дрожа от холода, Байи, неожиданно проникла какая-то фигура. Заключенный с радостью узнал своего старого знакомого. Да, это был Томас Герли, которого благочестивые католики считали святым великомучеником. Двоюродный брат леди Нортумберленд, жены предводителя недавнего католического восстания, Герли за участие в этом выступлении был брошен в тюрьму. Заключенные и посетители тюрьмы Маршальси видели, как несчастного страдальца заковали в тяжелые цепи и неделями держали в подземных темницах на хлебе и воде. Католики, включая епископа Росского и дона Герау, считали Герли невинной жертвой протестантов. Многие пытались даже заручиться советами или благословением узника в благочестивой уверенности, что на него нисходит дух божий. Последнее доказать, конечно, трудно. Доподлинно известно другое: Герли находился на постоянном жалованье у лорда Берли; не установлено только, пытался ли он требовать прибавки за свою славу святого. Во всяком случае, он предлагал принять участие в похищении или убийстве любого человека по желанию лорда Берли. К услугам столь любезного человека и обратился министр.
Все это, конечно, было неизвестно Байи, который в ответ на сообщенные Герли "важные тайны" поведал ему много такого, о чем с живейшим интересом утром узнал любознательный Уильям Сесил. Но спрос на услуги великомученика быстро возрастал. К святому обратился Лесли и попросил, учитывая, что Герли разрешили свидания с посетителями, послужить связным между епископом и Байи. Герли с готовностью вызвался уважить желание достойного прелата. С писем, которые он носил от Лесли к Байи и от Байи к Лесли, разумеется, снимались точные копии в канцелярии лорда Берли. Эти письма, однако, были шифрованными, и шифр раскрыть не удавалось. А святой при очередной встрече с Байи не совсем ловко сыграл свою роль и проговорился. Байи понял, что перед ним правительственный шпион. Министр тогда приказал привезти Байи. к себе и потребовал от него расшифровать свою корреспонденцию с Лесли. Фламандец уверял, что потерял ключ к шифру. Тогда Берли приказал перевезти пленника в Тауэр, чтобы надежно изолировать его от других заговорщиков, и там подвергать пытке до тех пор, пока он не откроет содержания шифрованных писем.