Артузов привел с собой группу доверенных людей из иностранного отдела ГУГБ НКВД и расставил их на ключевых постах. Военных разведчиков пришествие варягов, ясное дело, раздражало. Артузов изменил структуру военной разведки, разделив ее на два основных отдела: 1-й (западный) и 2-й (восточный). Он совершил большую ошибку — расформировал аналитический отдел, не видя в нем особой нужды.
Помимо рутинной разведывательной работы, Урицкий с Артузовым много занимались Испанией, где шла война, и Китаем, на который напали японцы.
Сталин старался помешать тому, чтобы Китай перешел под управление японцев. Но он и не желал укрепления китайского правительства. Он одновременно помогал центральному правительству Чан Кайши в борьбе против японцев, и он же поставлял оружие коммунистической армии Мао Цзэдуна, чтобы она сражалась против Чан Кайши. Правда, все делалось скрытно, с соблюдением конспирации. Оружие военная разведка передавала китайским коммунистам через третьи руки, чтобы у правительства Чан Кайши не было формального повода для протеста.
В военной разведке Артузов проработал всего год с небольшим. Когда Генрих Ягода потерял пост наркома внутренних дел и начали убирать его людей, закачалось кресло и под Артузовым. Меньше всего Артур Христианович мог считаться «человеком Ягоды», но ко всем чекистам, присланным в Разведупр, теперь относились с подозрением.
Артузов пробовал объясниться с собственным начальником. 20 декабря 1937 года написал Семену Урицкому личное письмо:
«Прихожу к заключению, что Вы начинаете менять свое прежнее безупречное, глубоко партийное отношение к группе товарищей-чекистов, пришедших со мной. Не по моему ходатайству меня направили в Разведупр. Вы это знаете…»
Артузов жаловался на предубежденность Урицкого к бывшим чекистам, на то, что он дает указания отделам через голову своего первого заместителя, демонстрируя нежелание работать с теми, кто пришел из иностранного отдела ГУГБ НКВД.
Вместо ответа Урицкий 11 января 1937 года вызвал Артузова и сказал, что нарком обороны распорядился заменить его более молодым и выносливым работником.
По поводу выносливости обиженный Артузов писал Сталину:
«Я действительно уезжал в три часа ночи с работы, а Урицкий еще оставался на работе…»
Но судьба Артузова была решена не потому, что он покидал свой кабинет раньше двужильного начальника. Сталин остался недоволен работой военной разведки в Польше, которую по-прежнему считал главным противником.
Артузова освободили от должности и вернули в аппарат НКВД. Зачислили на унизительно маленькую должность научного сотрудника 8-го (учетно-регистраци-онного) отдела Главного Управления государственной безопасности НКВД (на правах помощника начальника отдела). Не зная, чем его занять, поручили писать книгу об истории органов госбезопасности к двадцатилетию ВЧК-ОГПУ-НКВД.