Осмотрев местоположение острова и произведя промеры глубин возле него, Петр решил создать передовой форт, охраняющий Петербург со стороны моря.
Зимой 1703-1704 гг. сюда были направлены пехотные полки под командованием Ф. С. Толбухина и И. Н. Островского, составившие гарнизон острова. Они соорудили временные жилые помещения и начали постройку береговых укреплений. В первую очередь было намечено построить укрепление на отмели, расположенной к югу от острова. На этой отмели была сооружена большая трехъярусная деревянная башня, на которой установили 14 орудий. Вокруг башни сделали земляные насыпи; на самом Котлине поставили береговую батарею. Эти первые укрепления служили для обстрела главного фарватера, по которому шли корабли в восточную часть залива-к Петербургу.
7 мая 1704 г. состоялось торжество в честь закладки нового русского форта на Балтике, названного Кроншлотом. Этим было положено начало основанию морской крепости Кронштадт. В инструкции коменданту крепости говорилось: «Содержать сию цитадель с божиею помощью аще случится хотя до последнего человека…»1.
Вскоре у Котлина и Петербурга загремели артиллерийские залпы: уже летом 1704 г. шведское командование предприняло попытки отбросить русские войска от берегов Финского залива. Для этой цели были выделены сухопутный корпус генерала Майделя и эскадра адмирала Депру. Однако противнику не удалось достичь успеха. Подойдя к устью Охты, войска Майделя не решились форсировать реку и вынуждены были отступить. Одновременно с этим эскадра Депру пыталась высадить десант на Котлине, но он был отбит, а последовавшая двухдневная бомбардировка острова не принесла никаких результатов. Столь же безуспешными оказались усилия противника захватить Котлин зимой 1704 г.
Хотя Кроншлот и береговые батареи на Котлине выстояли во время первого нападения противника, для русского командования было ясно, что без поддержки флота защита Петербурга со стороны моря не может быть обеспечена. Поэтому на Сяси, Ладоге, Свири кипели работы по постройке боевых кораблей.
Осенью 1704 г. первые корабли Балтийского флота стали прибывать по Неве в Петербург.!8 октября к Петропавловской крепости подошел первый отряд новых кораблей. Вступление его в Петербург было торжественно отмечено артиллерийским салютом.
Весной следующего года сюда прибыли новые боевые суда. К маю 1705 г, боевое ядро молодого Балтийского флота состояло из 24-пушечных фрегатов «Штандарт», «Нарва», «Петербург», «Кроншлот», «Шлиссельбург», «Триумф», «Михаил Архангел» и «Дефам», 12-пушечных судов «Копорье», «Мун-кер», ч«Дегао, «Яким» и нескольких галер - всего около 20 вымпелов. На этих кораблях было 270 орудий и 2200 человек экипажей. Командовать флотом Петр поручил вице-адмиралу Крюйсу.