Летописцы запомнили и то необыкновенное обстоятельство, что, когда митрополит Алексей перед отправлением в Орду служил в Успенском соборе молебен, у гроба святого митрополита Петра «се от себя сама загореся свеча». Чудесная свеча тут же была раздроблена, частью роздана свидетелям чуда, а частью вместе со святой водой увезена святителем в Орду. Эта часть горела во время молебна у Тайдулы, когда окропленная привезенной святой водой царица вновь увидела свет. Участок кремлевской земли, где Алексей заложил первую церковь будущего Чудова монастыря, и был подарен ему Тайдулой. В прошлом он служил Посольским ордынским двором, где останавливались полномочные представители ханов.
Чудов монастырь слышал самые сокровенные молитвы и мольбы венценосцев. Великий князь Василий III Иванович молился здесь «о прижитии чад», пока не родился у него наследник — будущий Иван Грозный, за что положил он сделать для мощей святителя Петра золотую, а для мощей митрополита серебряную раку. Сам Иван Грозный крестил здесь свою дочь царевну Евдокию, сыновей Ивана и Федора Иоанновичей. Царь Федор Иоаннович — свою единственную рано умершую дочь Феодосию. Михаил Федорович — всех детей, включая будущего царя Алексея Михайловича. В свою очередь, Алексей Михайлович крестил здесь своего первенца сына Дмитрия, а позднее Петра I и его сестру царевну Наталью.
Цари искали в Чудовом монастыре духовной опоры. Архимандрит Иоаким сумел стать такой опорой для Алексея Михайловича. Первые три года его правления обителью еще продолжается война с Польшей, только в 1667 году приведшая к заключению Андрусовского мира. Кому, как не былому рейтару, было знать и ее неизбежность, и ее тяготы. В том же году заявляет о себе Степан Разин, а Алексей Михайлович наконец решается на строительство русского флота, первые суда которого закладываются на верфях в Дединове.
Вместе с перипетиями Андрусовского мира Алексей Михайлович проходит одно из самых тяжелых в его жизни испытаний — состоявшийся в 1666 году окончательный суд над бывшим патриархом Никоном. Для царя это не просто вопрос отношений государства и церкви, — это еще и очень глубокая личная привязанность, восхищение личностью человека, годами остававшегося его другом и советником.
Когда в апреле 1652 года не стало патриарха Иосифа, Алексей Михайлович не видел на патриаршьем столе никого другого, как Никона, посланного в это время в Соловки для перенесения мощей митрополита Филиппа из Соловецкого монастыря в Москву. Конечно, могли воспротивиться церковники. Чтобы этого не случилось, мягкий и на первый взгляд постоянно колеблющийся царь берет инициативу в свои руки. 9 июля празднуется торжество перенесения мощей, а спустя две недели Никон буквально назначается на патриарший стол «без жеребья». На глазах всего народа ему кланяются в ноги с просьбой принять власть Алексей Михайлович и все бояре. А Никон не соглашается и требует от царя собственноручной записи «еже во всем его послушати и от бояр оборонить и его волю исполнять». Алексею Михайловичу остается согласиться, что отныне он не будет больше заниматься делами церкви и духовенства. Еще через три недели царь подносит новопоставленному патриарху на золотой мисе золотую корону-митру вместо обычной для того времени патриаршьей шапки, опушенной горностаем, и присоединяет к его кремлевским владениям огромный Царь-Борисов двор. С 1654 до 1658 года, находясь постоянно в походах, Алексей Михайлович оставляет на попечении Никона и город Москву, и собственную семью.