Но все это в прошлом. Через шесть лет после своего такого необычного и пышного избрания Никон отказывается от сана, не добившись так манившего его слепого послушания царя. А в 1666 году Иоаким оказывается рядом с царем, когда принимается решение лишить Никона сана и заточить в белозерский Ферапонтов монастырь. Да и мало ли в эти годы непростых для Алексея Михайловича обстоятельств!
В 1669 году не стало царицы Марьи Ильичны Милославской, а в следующем объявленного народу наследника царевича Алексея Алексеевича — повод для нового появления Степана Разина, выдававшего себя за покойного. Здесь и увлечение красавицей Натальей Нарышкиной, и осужденная многими царская свадьба с новой царицей. Иоаким оказался в числе тех, кто спокойно принял развитие событий. Больше того. Он поставляется в митрополиты Новгородские при поддержке царя, а спустя каких-нибудь два года и в патриархи. 26 июля 1674 года стало звездным часом Ивана Большого Петровича Савелова. Отныне для истории существовал только кир-Иоаким.
Гражданские историки не находили в девятом патриархе никаких сколько-нибудь примечательных качеств: один из многих и, само собой разумеется, ни в чем не сравнимый с колоритной фигурой властного, тщеславного, не знавшего компромиссов Никона. Та же формула использована и авторами отличавшегося достаточной объективностью словаря Брокгауза и Ефрона. Но как, по поговорке, успех говорящего зависит от уха слушающего, так и образ исторического деятеля оказывается в прямой зависимости от внутренней позиции и угла зрения исследователя.
Формально у шестого и девятого патриархов мало общего. Ни в происхождении — Никон из крестьянской семьи, Савелов из дворян, — ни в характере прихода к власти. Но уже в своей новгородской епархии Иоаким наводит особый порядок. Он устанавливает единообразную и совершенно определенную церковную дань, сбор которой поручает исключительно церковным старостам. Посылавшиеся обычно из Митрополичьего приказа для этой цели светские чиновники допускали, по его мнению, слишком большие и частые злоупотребления. Есть здесь и другая, не сформулированная в словах сторона: начать избавляться от участия в церковных делах светских лиц.
Сразу после поставления в патриархи Иоаким собирает в 1675 году в Москве собор, решением которого у епархиальных архиереев появляются судьи из лиц духовных вместо мирских, как то было раньше. Иоаким настаивает, чтобы мирские судьи не имели права судить лиц духовных, а боярские дети посылались из архиерейских приказов только «на непослушников и непокорников». Спустя одиннадцать лет ему удастся окончательно завершить свое стремление царской грамотой о неподсудности лиц духовного сана гражданским властям. Царевна Софья поддалась на уговоры патриарха.