Б. М. Хитрово был человеком, несомненно далеко не равнодушным к тому, что делалось в Оружейной палате, к судьбам и характеру работы ее мастеров. При нем начинает расти число живописцев и сокращаться число иконописцев. Боярина отличала характерная, впрочем, и для всего Московского государства XVII века веротерпимость, отношение к художнику или ремесленнику в зависимости от его умения, а не национальной принадлежности или вероисповедания. Поэтому среди штатных иконописцев палаты уживались вчерашние мусульмане, выходцы из Персии, армяне, греки, евреи, немцы, шведы, англичане. Для живописцев Б. М. Хитрово создает наиболее благоприятные условия, все время увеличивает штат учеников, способствуя развитию в изобразительном искусстве противоположного иконописи художественного метода.
Утверждал ли Б. М. Хитрово собственные взгляды, поддерживал ли стремления государя Алексея Михайловича, во всяком случае, его руководство палатой получает полное высочайшее одобрение, и в 1664 году к обязанностям Богдана Матвеевича присоединяется руководство приказами Большого дворца, Золотой и Серебряной палат. Его положение при дворе тем более укреплялось присутствием в приказах Лифляндских дел, в Дворцовом суде. Здесь, несомненно, сыграла свою роль и та помощь, которую оказал Б. М. Хитрово царю в его разрыве с патриархом Никоном.
Многие современники и историки склонны считать, что именно столкновение Б. М. Хитрово с патриаршим стряпчим Мещерским во время приема грузинского царя Теймураза I в 1658 году послужило первым шагом к падению строптивого и властного патриарха, добивавшегося подчинения царской власти церкви. Получив в 1667 году звание боярина — было оно именным и ни по наследству, ни по родству не передавалось, — Б. М. Хитрово одновременно удостоился чести сидеть на посольских приемах на первом месте после царя, а при частых выездах Алексея Михайловича из столицы на богомолье занимать место в царской колымаге.
Брат Б. М. Хитрово, окольничий Иван Матвеевич, сопутствовал ему во многих службах, сидел с ним в некоторых приказах, но главное — был назначен дядькой, иначе говоря, воспитателем будущего царя Федора Алексеевича. У царской семьи от Хитрово ни тайн, ни секретов попросту не могло существовать.
Царь Федор Алексеевич сохраняет за Б. М. Хитрово исключительность его положения при дворе, жалует его так называемым «дворечеством с путем», передает в его ведение еще и дела введенного в состав приказа Большого дворца бывшего Монастырского приказа.
В эти особенно благоприятные для него годы Б. М. Хитрово усиленно занимается благоустройством своего любимого Братцева. Сведения на листах 21–24 Писцовой книги № 9813 за 1678 год сообщают, что Б. М. Хитрово построил в Братцеве каменную церковь Покрова с приделом Алексея Божьего Человека, тезоименитого царю Алексею Михайловичу, «да в селе двор боярский и около двора задворных крепостных людей русских и иноземцев 37 человек; при мельницах 13 человек и 3 человека мельников русских и иноземцев».