Лишь в августе муссоны прекратились, и флот д'Альбукерка получил возможность уплыть из Гоа. Но в ноябре 1510 года д'Альбукерк вернулся и снова захватил город. Три дня в Гоа шли убийства и грабежи. Были перебиты все мусульмане без различия пола и возраста. Став господином Гоа, д'Альбукерк решил превратить этот город в столицу Португальской Индии.
«В Кочине, – писал д'Альбукерк королю, – нельзя срезать ветки без разрешения раджи. Если один из моих людей откажется заплатить на базаре требуемую цену или затронет мусульманскую женщину, форт подвергается осаде. В Кочине лишние 500 человек вызывают голод. Там нет ни мяса, ни рыбы, а куры слишком дороги.
В Гоа множество говядины, рыбы, хлеба и овощей, и лишние 2 ООО человек никак ие отразятся на снабжении города. В Гоа есть пушкари, оружейники, столяры, судостроители, – все, что нам нужно».
Д'Альбукерк твердо решил сделать Гоа столицей португальских колоний. Он развил лихорадочную деятельность – строил крепость, церковь и дома, чеканил монету, сооружал корабли. Д'Альбукерк принимал меры, чтобы португальцы прочно осели в Гоа, наделял их землею; женил португальских солдат и матросов на мусульманских и индусских женщинах. Против этого стало протестовать духовенство. Тогда д'Альбукерк заявил:
– Хорошо, пусть эти браки не совсем соответствуют законам христианства, но зато они полностью отвечают целям д'Альбукерка.
Энергичная деятельность д'Альбукерка многим не нравилась. В Португалию посылались жалобы. Д'Альбукерка обвиняли в том, что он готовил из Гоа столицу для собственного княжества. Короля Маноэля убеждали, что надо отказаться от Гоа.
Д'Альбукерк не сдавался и писал Васко да Гаме: «Король вам верит. Просите его удерживать Гоа до дня страшного суда».
Но осторожный адмирал Индии принадлежал к старой школе. Он многого не одобрял и не считал нужным поддерживать д'Альбукерка перед королем.
Сам же Маноэль только мешал д'Альбукерку. Король писал ему, что, быть может, в самом деле не стоит создавать столицу в Гоа, и настаивал, чтобы д'Альбукерк уговорил старого союзника португальцев – раджу Кочина – принять христианство. Д'Альбукерк уклончиво отвечал, что раджа под влиянием бесед с ним очень заинтересовался христианством, но что раджу торопить не следует.
Д'Альбукерк был занят более серьезным делом, чем беседы о вере с раджой Кочина. Он воспользовался тем, что португальцы поссорились с султаном Малакки, явился с португальской эскадрой под Малакку и 25 июня 1511 года начал штурм города. У д'Альбукерка было всего 600 португальцев и немногим больше малабарских индуеов, в то время как в Малакке скопилось свыше 20 тысяч бойцов. Но среди защитников Малакки не было единодушия. Малакку населяли арабы, моплахи, малайцы, яванцы, индусы из Гуджерата и с Малабарского побережья, китайцы, сиамцы и даже жители островов Риу-Киу. Эти люди не доверяли друг другу, все время ожидали измены и предательства.