Пугачев решил идти в Башкирию. На Яик путь был закрыт. Корпус генерала Мансурова в это время двигался из Татищевой к Яицкому городку, занимая по пути без боя крепости. 15 апреля на реке Быковке он разбил Овчинникова и Перфильева с 500 казаками и 50 калмыками. Повстанцы потеряли 100 человек убитыми, некоторые попали в плен, другие прибежали в городок. Здесь на круге казаки, чтобы спасти себя, решили связать Каргина, Толкачева и семерых других активных деятелей восстания. С тем и пришли к Симонову, прося о помиловании. К дому Устиньи поставили караул. Многие казаки бежали в степь. Это сделали еще раньше, после поражения на Быковке, и Овчинников с Перфильевым, догнавшие потом Пугачева у Магнитной крепости.
16 апреля Мансуров вошел в Яицкий городок. Начались аресты. Военные команды «очищали» окрестности, прежде всего дороги, от «мятежников». 1 мая отряд подполковника Кандаурова занял Гурьев. Тем самым Яик почти на всем его протяжении каратели «освободили» от восставших.
На главных командиров вскоре посыпались награды. Правда, 9 апреля в Кичуевском фельдшанце умер от лихорадки главнокомандующий А.И. Бибиков. Но к месту сражений с Пугачевым прибывали новые генералы, и замена скоро нашлась. Это было для властей тем более необходимо, что восстание вопреки их уверенности вскоре разгорелось с новой силой.
По Башкирии и Уралу. Взятие Казани
Вместо Бибикова главнокомандующим императрица назначила генерал-поручика князя Щербатова, как старшего из оставшихся в крае военачальников. Исходя из того, что Пугачев разбит и осталось переловить только мелкие «шайки» пугачевцев, ему не дали такие широкие полномочия, как предшественнику. Вручили командование над войсками, усмирение же населения, все административные дела отдали в распоряжение губернаторов. Екатерина требовала от Щербатова держать с ними связь, помогать им в случае нужды (а они должны помогать ему), главное же — продолжать «неусыпно поражение и преследование бунтовщиков, вооруженно воюющих», «приводить в повиновение отложившуюся чернь», требовать от башкир выдачи Пугачева, «изъясняя им всю гнусность его злодейства и жестокость праведной им от законов мести, если они его укрывать станут или же из своих рук упустят и не возвратятся добровольно в повиновение монаршей нашей власти…».
Щербатов, как и Бибиков, был опытным боевым генералом. Во время Семилетней войны участвовал в сражениях при Цорндорфе, Пальцихе и Франкфурте; в ходе первой русско-турецкой войны — во взятии крепости Бендеры. В 1771 году, когда русские войска вступили в Крым, его корпус штурмом взял крепость Арабат, затем занял Керчь, Еникале.