Отряды восставших, чтобы затруднить положение карателей, разрушают мосты, заводы. На первых порах заводские жители им помогали. Но вскоре, по мере того, как повстанцы, особенно башкиры, стали подчистую сжигать и разорять заводы, они меняют к ним свое отношение. Конечно, башкиры, и это понятно, издавна испытывали вполне определенные чувства ненависти к заводам и заводчикам, помещикам, которые захватывали их земли, переселяли сюда своих крестьян, строили заводы. Но стихия разрушений, начавшая бушевать после пугачевских распоряжений, с неизбежностью приводила к нарушению жизненных интересов многих заводских работников — для них работа на заводе давно стала единственным источником существования. Все это приводило к трениям, росту противоречий, насилий, недовольства, осложняло дело восстания, позиции его предводителей, самого Пугачева.
Обстановка, в которой приходилось Пугачеву и повстанцам бороться на втором этапе движения, изменилась весьма заметно. Раньше, находясь под Оренбургом и Яицким городком, Уфой и Челябинском, они действовали в условиях отсутствия значительных карательных сил, могли проявлять собственную инициативу. Теперь же, когда каратели теснили со всех сторон, Пугачев и его атаманы не могли надолго задерживаться где-либо, переходили с места на место, появлялись то тут, то там, стараясь избежать ловушки, поджидавшие на каждом шагу.
5 мая Пугачев с пятитысячным отрядом, без артиллерии, подошел к Магнитной. Ее гарнизон имел всего 100 человек, но при этом 10 орудий. Он отбивал все атаки восставших. В ночь на 6 мая в крепости взорвались пороховые ящики — вероятно, постарался кто-то из осажденных, чтобы помочь пугачевцам, и они в три часа ночи ворвались в крепость. Пугачева легко ранили в руку во время дневного штурма. Хотя победа была одержана над немногочисленным противником, повстанцы были ей очень рады — все-таки после тяжких поражений конца марта — начала апреля удалось штурмом взять крепость. К тому же на следующий день к ней подошел отряд Овчинникова и Перфильева, целый почти месяц догонявший Пугачева. В повстанческое войско влились 300 казаков и 200 заводских крестьян. Прошел еще день, и вблизи крепости показался отряд Белобородова в 700 человек. Шел он стройно, в строгом порядке. Подойдя к Пугачеву, белобородовцы преклонили перед ним знамена. Момент получился торжественный и воодушевляющий.
В Магнитную пришел и есаул Иван Шибаев. В его отряд (300 человек) входили в основном крестьяне и работные люди Златоустовского и других заводов.
В те же дни Емельян Иванович принимал башкирских старшин. Верхоланцев, свидетель приема, сообщает: «На нем была парчевая бекеш, род казацкого троеклина, сапоги красные…»