Ему не поверили и в тот же день под конвоем отправили в Симбирск, оттуда в Казань. 4 января 1773 года арестованный был уже в губернской канцелярии, ожидал решения своей участи. Казанский губернатор генерал-поручик фон Брандт приказал посадить его в тюрьму и допросить: «чем он был наказан, кнутом или плетьми, и о причине его побега в Польшу».
На допросе Пугачев сказал, что его не наказывали, только полковник Денисов сек его, потому что он упустил лошадь. Относительно Яицкого городка повторил то, что показал в Малыковке: говорил-де об уходе некрасовцев на Кубань; факт своего разговора с Филипповым на эту тему упорно отрицал. Ему, кажется, поверили, но поместили в тюремные «покои».
В тюрьме Емельян Иванович не терял времени даром. Он возложил надежды на помощь раскольников, с которыми столкнули его жизненные пути и передряги. Расчет был правильный: раскольники немало помогали друг другу; к тому же он помнил совет Филарета о том, что в Казани он может сыскать купца Василия Федоровича Щолокова.
Арестантов жалели казанские жители, приходили в тюрьму с подаянием. Среди них немало было и раскольников. С ними-то и завязал знакомство Пугачев. Один из них, Иван Седухин, согласился передать письмо Филарету, который как раз приехал в Казань. Тот, получив письмо, начал было хлопоты об освобождении, по Щолоков уехал в Москву по своим торговым делам. Филарет оставил ему письмо с просьбой содействовать Пугачеву — попросить о том присутствующих и секретаря в губернской канцелярии.
Неделя за неделей тянулись дни, томительно и однообразно. Заключенный, сидя у окна, смотрел на улицу, на людей, тосковал, вспоминая родной Дон, заволжские, яицкие просторы.
— А вот Щолоков идет! — заволновались однажды арестанты. — Никак он приехал из Москвы!
На другой день появился мальчик от сердобольного купца с милостыней для арестантов.
— Чей ты мальчик, — спросил его Пугачев, — и от кого ходишь с калачами?
— Я хожу со двора Василия Федоровича Щолокова.
— Пожалуй, мальчик, скажи, чтобы Василий Федорович бога ради пришел ко мне. Скажи ему, что я донской казак и имею до него нуждицу.
Через несколько дней купец пришел в тюрьму.
— Кто здесь донской казак Емельян Иванов? — спросил он.
— Я. Не Ваша ли милость Василий Федорович Щолоков?
— Я и есть.
— Отец Филарет приказал Вашей милости кланяться и просит, чтоб обо мне, бедном, постарались, попросили губернатора и кого надобно.
— А по какому делу ты сюда прислан?
— По поклепному делу, за крест и бороду.
— Добро, миленький, я схожу к губернатору и секретарю и их попрошу.