Купец-раскольник действительно ходил к секретарю, хлопотал, но успеха не добился, хотя подавал арестанту надежду. Впрочем, в «черной» ему стало полегче — с него по его просьбе сняли тяжелые кандалы, надев только «легкие железы» на ноги. 27 марта его вместе с другими перевели из дома губернской канцелярии в тюремный двор; здесь еще полегче стало — арестантам позволяли «для прошения милостыни» ходить по городу. Их водили также на Арское поле для работы. Всем этим Пугачев позднее воспользовался с большой для себя пользой.
Между тем за неделю до перевода на тюремный двор фон Браидт отправил сообщение о Пугачеве в первый департамент Сената. В списке арестантов о нем было сказано: «Казак безъизвестный Емельян Иванов, по губернаторской экспедиции»; губернатор и его чиновники не придавали его делу особого значения. Поэтому фон Брандт предложил наказать его кнутом. Слова, сказанные в свое время Пугачевым Филиппову (известные по доносу последнего), он счел за пьяную болтовню невежественного казака (Емельян в одном из допросов утверждал, что он говорил тогда «спьяну»). Екатерина II именным указом 6 мая санкционировала представление казанского губернатора: Пугачеву «учинить наказание плетьми и послать, как бродягу и привыкшего к праздной и предерзостной притом жизни, в город Пелым, где употреблять его в казенную работу, такую, какая случиться может, давая за то ему в пропитание по три копейки в день»; кроме того, «накрепко тамо за ним следить, чтобы он оттуда утечки учинить не мог».
О повелении императрицы Брандт узнал от генерал-прокурора Вяземского из письма от 10 мая. В Казань оно пришло 3 июня. Но за то время, пока шла переписка, многое изменилось.
Все это время колодник вел себя спокойно и сдержанно, был тише воды, ниже травы. Сблизился со многими товарищами по несчастью, особенно же с Парфеном Дружининым, купцом из города Алата, что в 44 верстах от Казани. Попал он в острог за неудачную торговлю казенной солью. Как и Пугачев, мечтал о свободе; к тому же в Казани находились его жена, сын, два свояка, что не могло не способствовать их делу.
Однажды из окна тюрьмы они увидели, как вели колодника. Его только что наказали кнутом. Вид его был ужасен. Оба содрогнулись и поглядели друг на друга:
— Что, брат Емелька, того и смотри, что и нас с тобою так же выведут да пороть станут.
— Что же делать? — вздохнул Пугачев. — Чем переменить? Разве бежать отсюда…
— Да как же бежать-то и куда?
— А вот как бежать: нас для работы гоняют на Арское поле, а теперь в реке полая вода; так когда караул будет невелик, сядем мы с тобой в судно, да и были таковы!