Несмотря на эти важные наблюдения, Саддам не был слепым последователем Насера, что и обнаружила язвительная перепалка между ними после прихода к власти баасистов в 1968 году. Он правильно решил, что фундаментальное различие их личностей сделает комичным любое безоглядное подражание. По природе замкнутый, интроверт, Саддам не обладал харизматическим обаянием Насера. В отличие от египетского президента, который часто увлекался красноречием и воспламенял слушателей огненными речами, Саддам обращался к своей аудитории как радиодиктор, спокойно, почти безразлично перечисляя излагаемое пункт за пунктом. Невыразительный голос и несколько сдержанная манера говорить как бы отдаляли его от собственной риторики и часто превращали самую пылкую речь в нудный монолог. Принимая во внимание эти различия, Саддам решил, что он может позаимствовать у Насера суть, но стиль должен соответствовать его индивидуальности. Если ему суждено стать видным арабским лидером, к этому надо идти своим путем.
Египетский период жизни Хусейна закончился в феврале 1963 года, когда партии Баас в Ираке вместе с сочувствующими военными удалось взять верх над Касемом и захватить власть. Как и предыдущий переворот пятью годами раньше, приход баасистов к власти был исключительно кровавым. Касем и некоторые из его близких соратников были мгновенно казнены, а их сторонники, особенно коммунисты, сопротивлялись армии и ополчению Баас, Национальной гвардии на улицах Багдада в течение нескольких дней. К тому времени когда они сложили оружие, погибло от 1 500 до 5 000 человек. На этом, однако, кровопролитие не закончилось. Утвердившись у власти, баасисты начали сводить счеты со своими политическими противниками.
Тысячи членов левых партий и коммунистов были арестованы, их жестоко пытали. Сотни человек были казнены.
Тем не менее, Саддам не имел отношения к этим событиям. Прибыв в Багдад, он ощутил себя посторонним. До своего бегства из Ирака он слишком недолго пробыл в партии, чтобы создать силовую базу, а затем три года в Египте находился в политической изоляции. Главный козырь Хусейна, его участие в покушении на Касема, оказался недостаточным, чтобы открыть ему доступ в высшие эшелоны партии. В итоге раздосадованному молодому человеку пришлось околачиваться на задворках вновь образованной баасистской администрации и довольствоваться ничтожным постом члена центрального бюро партии от крестьян. Без промедления он начал укреплять свое положение в партии, вступив во фракцию, руководимую его земляком из Тикрита и кровным родственником бригадиром Ахмадом Хасаном аль-Бакром, который теперь стал премьер-министром Ирака, и полковником Салихом Махди Аммашем, министром обороны.