Едва только Баас пришла к власти, как в ней разгорелась жестокая идеологическая борьба между двумя главными соперничающими лагерями. Первый, левая воинствующая группа, возглавляемая Генеральным секретарем партии Али Салихом аль-Саади, проповедовала фундаментальное, быстрое преобразование иракской социально-политической системы в социалистическое государство. Ей противостояла миролюбивая правая фракция, отстаивавшая постепенную эволюцию к социализму и поддерживавшая связь с небаасистскими военными. Среди ее членов был тогдашний командующий воздушными силами — генерал Хардан аль-Тикрити. Фракция Бакра занимала промежуточное положение между этими двумя группировками с некоторой склонностью к правому лагерю. Этой центристской фракции не хватало идеологической убежденности и политического рвения двух других лагерей. Она не разделяла их готовности совершить политическое самоубийство ради теоретической догмы. Практики и прагматики до мозга костей, Бакр и его соратники очень старались примирить соперничающие фланги. Они понимали, что единственная надежда партии заключается в ее сплоченности. Или они будут держаться вместе, или их вместе повесят.
Но крайние вели безнадежную арьергардную борьбу. Не обращая внимания на призывы к умеренности, экстремистские фракции продолжали свое бескомпромиссное противостояние. На специальной сессии Регионального управления партии 11 ноября 1963 года левая группировка была исключена из партии. Генеральный секретарь Саади и четверо его ближайших помощников были арестованы во время заседания, отправлены в аэропорт и депортированы в Испанию. Этот переворот вызвал в Багдаде волну насилия, поставив столицу на грань гражданской войны. Национальная гвардия, политическое орудие Саади, бушевала на улицах, грабя и убивая. В отчаянной попытке добиться компромисса в Ирак поспешила высокопоставленная сирийская делегация во главе с Мишелем Афляком, но вскоре она поняла, что примирение уже невозможно и что единственным выходом из кризиса было очистить партию от двух экстремистских течений. В тот же день прибывшие члены Национального управления исключили правую группировку из Регионального управления, а ее лидеры были на самолете отправлены в Бейрут.
Чтобы заполнить возникший вакуум власти в иракском руководстве, на сцене появилось Национальное управление в Дамаске, принявшее на себя руководство иракским филиалом. Это оказалось роковой ошибкой. Поскольку иракское руководство Баас было успешно устранено, а вмешательство Национального управления в иракские дела рассматривалось общественностью как грубое нарушение суверенитета страны, репутация партии в Ираке опустилась до низшей точки. Это, в свою очередь, позволило президенту Абдель Салам Арефу, которого Баас сделала чисто номинальной фигурой, выступить против своих прежних благодетелей. В ноябре 1963 года, после девяти бурных месяцев у руля, Баас оказалась вышвырнутой из коридоров власти.