Рассуждая таким манером, Хусейн, поставленный в 1964 году во главе партийной военной организации, спешно разработал план государственного переворота против президента Арефа. Быстро было разработано два варианта действий, и оба были намечены к исполнению не позже середины сентября 1964 года. В соответствии с первым планом группа вооруженных баасистов во главе с Хусейном должна была проникнуть в президентский дворец во время заседания кабинета и уничтожить все иракское руководство. В ходе второй операции предполагалось сбить самолет, на котором Ареф направится в Каир для участия во встрече глав арабских государств. Обоим этим планам не суждено было осуществиться. Проникнуть во дворец не удалось, так как офицер Республиканской гвардии, который должен был провести заговорщиков в нужное место, был неожиданно сменен на своем посту. Еще печальней для Баас оказалось то, что план сбить президентский самолет был выдан одним из летчиков, который, как оказалось, работал на секретные службы. Реакцией Арефа на это разоблачение был немедленный запрет деятельности партии Баас и ее руководства.
Хусейн был одним из немногих видных членов партии, кто не попал в тюрьму во время чистки Баас Арефом. Он очутился перед выбором: или попытаться бежать в Сирию и продолжать борьбу оттуда, или остаться в Багдаде и подвергнуться риску ареста. Выбрав второе, он не подчинился Национальному управлению в Дамаске, предписавшему ему явиться в сирийскую столицу. Причины такого решения понять нетрудно. Бегство из Ирака в то время, когда большинство лидеров Баас, включая Бакра, томилось в тюрьмах, по всей вероятности, было бы истолковано как трусость, и это могло бы лишить Хусейна каких бы то ни было перспектив внутри партии. С другой стороны, руководство кампанией Баас против режима содержало семена будущей славы и включало гораздо меньший риск, чем тот, на который он уже пошел несколькими годами раньше, во время попытки убить Касема. На этот раз Хусейну не грозил смертный приговор. А если бы он встретился со своими соратниками за решеткой, это только превратило бы его в «мученика», принесшего себя на «алтарь революции».
Если принять во внимание соотношение риска и перспектив, решение Хусейна остаться в Багдаде казалось разумным. Как и многочисленные рискованные решения, которые он принимал в последующие годы, этот шаг был каким угодно, но только не необдуманным: он скорее был сделан после тщательного взвешивания возможных потерь и приобретений. Как и во многих будущих действиях Хусейна, вычисленный риск окупился, хотя известную цену ему пришлось заплатить: в середине октября 1964 года убежище Хусейна было окружено войсками службы безопасности. Возникла перестрелка, и когда у Саддама кончились патроны, он вынужден был сдаться.