Не желая признавать главенство Дамаска, Хусейн инициировал Чрезвычайный региональный съезд, чтобы определить реакцию иракской Баас в ответ на сирийский вызов. Конференция, созванная в сентябре 1966 года, стала водоразделом в истории Баас. Хотя иракская Баас сформировала свое собственное панарабское Национальное управление только в феврале 1968 года, Чрезвычайный съезд, собравшийся в 1966 году, усилил идеологический и организационный раскол между партийными организациями Баас в Ираке и Сирии. Объединенная с Региональными управлениями, Баас в соответствующих странах перестала существовать. Она была заменена двумя отдельными партиями, одной в Дамаске, а другой в Багдаде, и обе они объявляли себя законными наследницами бывшей партии, и у обеих было панарабское Национальное управление, включающее представителей из других регионов. Именно с этого времени началось жестокое внутриарабское соперничество между Сирией и Ираком, ставшее характерным для многих периодов карьеры Саддама.
Сыграв ключевую роль в ускорении разрыва с Дамаском, Хусейн сосредоточился на восстановлении организации партии в Ираке, но не раньше, чем он вычистил дотоле остающихся там левых элементов. Он закончил формирование партийного аппарата безопасности (который лично возглавлял), заложил основы новой партийной милиции и расширил сеть партийных организаций по всему Ираку. Прежде всего вместе с Ахмедом Хасаном аль-Бакром и узким кругом соратников он начал расчетливо плести сложную паутину, которая должна была затянуться вокруг президента Арефа через пару лет.
Баасистам легко было устраивать заговор во многом благодаря достаточно терпимой позиции к деятельности партии со стороны иракских властей. В апреле 1966 года иракский президент Абдель Салам Ареф погиб при аварии вертолета, и президентом стал его брат, Абдель Рахман Ареф. Новый президент был слабой и бесцветной личностью, ему было все труднее и труднее примирить враждующие военные группировки, и он совершенно не мог привести в равновесие различные политические силы в стране. Осторожно ступая по ненадежным тропинкам иракской политической системы, Ареф пытался поправить свое положение, используя скорее пряник, нежели кнут. Подавление деятельности Баас значительно ослабело, и в нескольких случаях президент даже пытался наладить сотрудничество баасистов с режимом. Это, в свою очередь, позволило Баас укрепить силовую базу и терпеливо ждать подходящего момента, чтобы снова возобновить борьбу за власть.
После унизительного арабского поражения в Шестидневной войне 1967 года, казалось, сложились именно такие условия. В ходе молниеносной войны Израилю удалось за шесть дней разбить войска Египта, Сирии, Иордании и иракский экспедиционный корпус, захватить Синайский полуостров, Голанские высоты и западный берег реки Иордан, включая восточный Иерусалим с его святыми местами. После месяца усилий и высокопарной арабской риторики, после месяца, за который Насеру удалось создать всеарабскую коалицию против Израиля, размах израильской победы потряс арабов. Личному престижу Насера был нанесен сокрушительный удар, так же, как и идее арабского национализма. Панарабизм освободил арабские государства от колониального господства, но ему не удалось ни способствовать объединению арабской нации, ни уничтожить то, что считалось основной угрозой этой нации — Израиль. Если арабские государства были так легко побеждены теми, кого арабы презрительно называли «сионистской данностью», как они могут рассчитывать на конечную цель — всеарабское единство? Казалось, даже Насер лишился своих иллюзий относительно дела, которое он так яростно отстаивал на протяжении всей своей карьеры. «Вы штампуете постановления, а нам приходится сражаться», — сказал он на собрании глав арабских государств в Каире. «Если вы готовы к освобождению — выстройтесь перед нами».