Бакр и Саддам, которым надо было залечить раны от недавних чисток, смотрели на палестинскую проблему как на козырную карту — и для того, чтобы сплотить народ вокруг режима, и для того, чтобы существовала некая отдушина для всеобщего недовольства. Государственное радио Ирака превозносило публичные казни евреев в январе 1969 года как «первый шаг к освобождению Палестины» и призывало народ дружно собраться и «получить удовольствие от этого угощения». Так как «освобождение Палестины» требовало ликвидации «сионистского образования», режим без обиняков отверг резолюцию Организации Объединенных Наций № 242 от ноября 1967 года, призывавшую Израиль уйти с «территорий, занятых в недавнем конфликте» в обмен на длительный мир между Израилем и его арабскими соседями. Единственным путем для освобождения Палестины признавалась вооруженная борьба, а не политическое решение.
Страстная риторика лидеров партии Баас в защиту дела Палестины на самом деле не превратилась в действия. Когда у них появилась первая серьезная возможность оказать решительную поддержку палестинцам в их отчаянной борьбе против короля Иордании Хусейна в сентябре 1970, Бакр и Саддам остались в стороне.
После Шестидневной войны 1967 года палестинские партизанские организации стали использовать иорданскую территорию как трамплин для нападений на Израиль. Король Хусейн был глубоко обеспокоен этой стратегией, так как он не мог полноценно защитить свою страну от ответного удара Израиля. С увеличением силы и влияния палестинских организаций в Иордании они с годами постепенно образовали государство в государстве, установив полный контроль над палестинскими лагерями беженцев на территории Иордании и полностью игнорируя иорданские власти и законы. На такое развитие событий король смотрел как на угрозу существованию своего королевства и был полон решимости покончить с этим.
Напряженность между Иорданией и палестинцами достигла высшей точки в сентябре 1970 года, когда Иорданию потрясла волна насилия, включая покушение на жизнь короля, угон и разрушение нескольких западных коммерческих самолетов и, наконец, вооруженные столкновения между иорданской армией и палестинцами. Столкнувшись с прямым призывом палестинцев к его свержению, король Хусейн сделал решительный шаг: 10 сентября он назначил военное правительство, которое начало повсеместную кампанию против палестинцев. Когда приблизительно через две недели борьба утихла, иорданская армия полностью контролировала положение в стране, тогда как палестинские организации были разгромлены. По крайней мере, 5 000 палестинцев было убито и вдвое больше ранено. Эту кровавую конфронтацию назвали «Черным сентябрем».