Весной 1906 года Афанасий Иванович тяжело заболел. Его пытались лечить, но все было тщетно, к сентябрю он практически ослеп, и зимой 1906/07 года стало понятно, что к работе он уже не вернется. Коллеги, начальство сделали все для того, чтобы помочь семье умирающего профессора и его жене, у которой было на руках семеро детей, из которых старшему не исполнилось 16 лет, а младшей – пяти. 11 декабря 1906 года за сочинения «Старокатолическое и христиано-католическое богослужение и его отношение к римско-католическому богослужению и вероучению» (Киев, 1901) и «О законности и действительности англиканской иерархии с точки зрения православной церкви» (Киев, 1906) совет Академии удостоил А. И. Булгакова степени доктора богословия и ходатайствовал перед Синодом о присуждении Афанасию Ивановичу звания ординарного профессора[4]. 8 февраля 1907 года это ходатайство было удовлетворено, и, как только это случилось, профессор ушел на пенсию по состоянию здоровья.
Сотрудница музея Михаила Булгакова в Киеве Татьяна Рогозинская опубликовала отзыв врача Киевской духовной академии о состоянии здоровья профессора А. И. Булгакова:
«Профессор Киевской Духовной Академии Афанасий Иванович Булгаков в мае прошлого года заболел гриппом. Не оправившись достаточно от болезни, приступил к экзаменационным работам, причем обнаружилось у него сильное недомогание и слабость, к сему присоединилось резкое понижение зрения настолько, что больной вынужден был прекратить всякие занятия и приступить к серьезному лечению. В это время оказалось, что вышеописанные явления были результатом заболевания почек, что подтвердилось химически-микроскопическим исследованием выделений.
Несмотря на самое строгое систематическое лечение соответствующей диетой, лекарствами и проч., болезнь подвигалась вперед и в настоящее время как последующее явление наблюдается изменениями в деятельности сердца – порок.
Означенная болезнь – нефрит требует продолжительного систематического пользования диетой, ваннами и соответствующими климатическими условиями жизни.
1907 года, 15-го февраля.
Врач Академии, Доктор медицины К. Лепинский» [110].
За четыре дня до смерти, 10 марта 1907 года, Афанасий Иванович подал прошение об отставке: «Состоя около 22 лет на духовно-учебной службе и работая на этом поприще не щадя своих сил, я получил серьезное расстройство своего здоровья, которое, несмотря на принятые мною меры, не поддается лечению. Находясь в данное время в тяжелом болезненном положении, лишающем меня не только возможности продолжать службу, но и обходиться без постоянного постороннего ухода, покорнейше прошу Совет Киевской Духовной Академии ходатайствовать перед Святейшим Синодом о назначении мне полного оклада пенсии, причитающейся ординарному профессору за тридцатилетнюю службу, в размере 3000 рублей» [61].