Первым правителем разоренных земель стал бывший царь Мари, города, расположенного к северо-востоку от реки Евфрат. Из хроник того времени мы узнаем, что он был «не шумерского семени» и носил семитское имя Ишби-Эрра. Он сделал своим центром город Исин, откуда управлял восстановлением других крупных городов, но этот процесс был медленным, трудным и временами беспорядочным. Его усилия по возрождению были продолжены наследниками, также носившими семитские имена — так называемой «династией Исина». Всего потребовалось около столетия, чтобы восстановить экономическую столицу Шумера город Ур, а затем и религиозный центр страны Ниппур. Но затем процесс постепенного возрождения стал наталкиваться на сопротивление правителей других городов, и в целом Шумер остался раздробленным.
Даже сам Вавилон, напрямую не пострадавший от Злого Ветра, нуждался в восстановленной и заселенной людьми стране, чтобы вернуть свой имперский статус, поэтому пророчества Мардука относительно его величия сбылись не сразу. Прошло больше ста лет, прежде чем власть (приблизительно в 1900 г. до н. э.) перешла к официальной династии, названной учеными Первой династией Вавилона. Минуло еще сто лет, и только тогда на трон взошел царь, достигший предсказанного могущества; его звали Хаммурапи. Наибольшую известность Хаммурапи принес свод установленных им законов — эти законы вырезаны на каменной плите, обнаруженной археологами (в настоящее время хранится в Париже, в Лувре).
Таким образом, для исполнения пророчества Мардука потребовалось около двухсот лет. Разрозненные свидетельства, относящиеся к периоду после катастрофы — некоторые ученые называют эпоху, последовавшую за гибелью Ура, «темными временами» месопотамской истории, — говорят о том, что Мардук позволил другим богам, в том числе своим противникам, позаботиться о восстановлении и заселении своих древних культовых центров, но они вряд ли воспользовались его приглашением. Восстановление страны под руководством Ишби-Эрры началось с Ура, но мы нигде не встречаем упоминаний о том, что Нанна/Син и Нингаль вернулись в город. Нинурта время от времени посещал Шумер, особенно в связи с размещением в стране войск эламитов и гутиев, но не сохранилось записей о том, что его супруга Бау вернулась в свой любимый город Лагаш. Усилия Ишби-Эрры и его преемников по восстановлению культовых центров достигли своего апогея — по прошествии семидесяти двух лет — в Ниппуре, но в хрониках нет упоминания о том, что Энлиль и Нинлиль вновь поселились там.
Куда же они все ушли? Один из способов ответить на этот интригующий вопрос — это выяснить, какую судьбу уготовил им Мардук, который теперь добился верховенства и утверждал, что может командовать всеми аннунаками.