Эмигрант Курбский оказался вовлечен и в земельные, и в конфессиональные конфликты. О его приключениях на чужбине речь пойдет ниже. В них землевладелец Курбский был втянут поневоле, частично в силу неудачного стечения обстоятельств, частично – из-за непонимания культуры и менталитета шляхты Великого княжества Литовского. С участием Курбского в духовно-религиозной борьбе в Великом княжестве Литовском дело обстояло несколько иначе.
Еще в России князь обсуждал с печорскими монахами проблему чистоты веры и полемизировал с протестантами. Одно из первых его сочинений – «Ответ Ивану многоученому о правой вере» – предположительно было адресовано дерптскому пастору Иоганну Веттерману. Князь был возмущен высказыванием реформаторского священника, будто бы православный Символ веры «неполон и несовершенен». Он обрушил на оппонента поток цитат из Священного Писания и Отцов Церкви.
Пастор Иоганн, искушенный в богословской полемике, попытался срезать Курбского постановкой вопроса, на который со времен Первого пришествия Христа нет ответа. Он сказал: «Я не знаю, что есть истина. Слишком много мы с вами об этом спорим... Думаю, что мы узнаем лишь на небесах, что такое истина». На это Курбский возразил со всем пылом неофита, которому ведомы все тайны этого мира: «Не обретет на небесах истины тот, кто в богословии придерживается испорченных догматов... если даже совершивших малые прегрешения предают анафеме, то что говорить о тех, кто не стремится соблюдать догматы древнего благочестия?» Одним словом, у пастора Веттермана нет даже шансов попасть на Небо и там познать истину: у него, как у неправоверного, одна дорога – в геенну огненную...
Курбский в своем сочинении буквально изничтожил протестантов: «О, воистину, вы – словно тростинка, колеблемая в разные стороны порывами ветра! О, дом ваш, построенный – и это всем видно – на песке! Это по вашей воле были допущены учителя, проповедующие ложное учение! Смутились вы и зашатались, словно пьяные, понадеявшись на хитрость и пустую философию... и поэтому вся ваша священная мудрость исчезла». Особенно князя возмутило, что впавшие в ересь немцы бреют бороду и усы, тем самым нарушая заповедь о создании человека по образу и подобию Божьему, а также отрицают учение о 7000-й дате и скорый Конец света. Он сравнил протестантов с «богоборными иудеями», ожидающими вместо Второго пришествия Христа – приход Дьявола.
Досталось от Курбского и римским папам («...ваших нынешних развращенных пап, живущих, словно свиньи, нечистым смрадным житием...»), и Лютеру («...вашего новоявленного обольстителя Лютера... волка в овечьей шкуре... этого истинного предвестника Антихриста... он, окаянный, соблазнил бесчисленное множество людей, поколебал великие царства и способствовал величайшим кровопролитиям во время междоусобных войн, восстав против апостолов и святых»). Князь вынес протестантам свой приговор: «Если вы не покаетесь и не вернетесь к древнему благочестию, то суждено вам познать огненную реку, волны которой, как говорят, с огромным шумом возносятся выше облаков, а в ней законопреступники подвергаются мучениям от Дьявола»