Российско-Американская компания, задетая успехами Невельского на Амуре, охарактеризованном её работниками в самых чёрных красках, как бесполезной для России реке, готова была придраться к любому случаю, чтобы недодать, недослать, одним словом, насолить "противнику". Так, в 1852 году, считая, что суммы, отпущенные правлению компании для снабжения Амурской экспедиции, уже израсходованы, она отдала распоряжение начальнику своей Аянской фактории и порта А. Ф. Кашеварову не снабжать продовольствием Амурскую экспедицию свыше отпущенных сумм. Поэтому, того не ожидая, Невельской получил такое количество продуктов, которое обрекало его людей на медленную голодную смерть. Невельской жалуется, требует внимания к своим нуждам, указывает справедливо, что в результате всех этих недоразумений страдать будут не только люди, но и дело; однако он вместе с тем великолепно сознает, что его письма -- глас вопиющего в пустыне, что помощи ждать неоткуда. В результате от голода и недоедания гибнет несколько человек из числа команды, умирает Новорожденная дочь Г. И. Невельского. Мучилась и страдала его жена, которая делила с ним все тяготы и неудобства походной жизни и прожила в течение всего срока работы Амурской экспедиции на Петровской кошке и Николаевском посту.
Даже перед лицом надвигающейся катасторфы Невельской не покидает своего поста. Он пишет Муравьёву в сознании безысходности положения полное трагизма письмо: "Когда же мне, и моим благородным сотрудникам, полным самоотверженного сознания своего долга перед Родиной, дадут, наконец, средства для достижения великой государственной цели, которую все мы преследуем, не страшась ни ответственности, ни опасности, ни лишений? Мы верим все, что наступит такая минута, и в надежде на нее с твердостью духа переносим все трудности и опасности, но всему есть предел, переступать который не следует". Даже в таких тяжелых условиях он посылает исследовать Северный Сахалин, учреждает посты в заливе Де-Кастри, в заливе Уанды и других местах; посылает лейтенанта Н. К. Бошняка для изучения побережья Татарского пролива, в результате чего последнему удается изучить и впервые нанести на карту залив -- Гавань императора Николая I (теперь Советская Гавань), одну из крупнейших и удобнейших для стоянки судов гаваней мира.
Жалобы Невельского в Петербург наконец помогли; там поняли, что губить людей из-за личных счетов, возникающих в значительной степени вследствие недоговоренности в переписке, которая велась почти на расстоянии 10 000 км, нельзя. Российско-Американская компания получила полностью возмещение всех своих убытков и дополнительно еще 100 000 рублей на расходы по снабжению Невельского. Одновременно правление Компании сообщило ему, что в навигацию 1852 года экспедиции будет доставлен морской 16-сильный паровой катер, которого он так долго добивался для изучения Амурского лимана, гребные суда и все требовавшиеся им припасы.