Очные ставки с Клепининым и Литауэр состоялись в один день и были для Сергея Яковлевича чрезвычайно тяжелы: в отличие от Толстого Клепинин и Литауэр были его многолетними близкими друзьями, единомышленниками и товарищами по работе. Еще до того, как в кабинете появился Клепинин, следователь напоминает Эфрону, что Толстой уже изобличил его как агента иностранных разведок, на что Эфрон твердо возражает, что ни на какие разведки, кроме советской, он не работал. Тогда-то и вводят Клепинина, который признается, что он и Эфрон были агентами нескольких иностранных разведок и вели активную антисоветскую деятельность. В ходе очной ставки Эфрон заявляет: «Я позволю себе утверждать, что у Николая Андреевича также никакой шпионской деятельности не было». Твердость поведения Эфрона призвана образумить Клепинина, но тот уже выбрал линию «игры» со следствием. Перед тем как его уводят, он еще раз пытается остановить Эфрона: «Дальше запираться бесполезно. Есть определенные вещи, против которых бороться невозможно, так как это бесполезно и преступно... Рано или поздно ты все равно признаешься и будешь говорить...» Первая часть этого утверждения справедлива, особенно в условиях советского застенка; вторая в какой-то степени зависит от человека.
Можно представить себе чувства Сергея Яковлевича, после того как Клепинина уводят. Но допрос не кончен, хотя дело происходит ночью 30 декабря. Вводят Эмилию Эммануиловну Литауэр, которая повторяет свои показания о совместной с Эфроном двойной шпионской деятельности. Эфрону плохо, он не в состоянии отвечать и несколько раз просит прекратить допрос – но для следователей это к лучшему: может быть, легче будет добиться, чтобы обвиняемый «сознался». И Эфрон произносит: «Если все мои товарищи считают меня шпионом, и Литауэр, и Клепинин, и дочь, то, видимо, я шпион и под их показаниями подписуюсь». Формулировка «подписуюсь» воспринимается следователями как провокационная; им требуется прямой ответ: «Признаю себя виновным», но на это Эфрон не идет. Он снова и снова повторяет, что ему плохо и он не может продолжать допрос, но пытка не прекращается. Литауэр «признается», что до ареста она и Сергей Яковлевич договорились не выдавать друг друга, поэтому он все и отрицает. Эфрон продолжает настаивать на своей невиновности и с горечью (?! – протокол не фиксирует эмоций) произносит: «Но я верил Литауэр на все сто процентов».
После Литауэр Эфрон просит еще раз привести Николая Клепинина. Но между этими двумя очными ставками в протоколе, по словам Виталия Шенталинского, идет запись, которой нет в других публикациях: «Моя вербовка произошла в 1931 году. В конце своей деятельности во Франции я обнаружил, что работаю не только на советскую разведку, но и на французскую. Я действовал в связи с масонами, а вся масонская организация в целом и является органом французской разведки...» Шенталинский добавляет: «Под этими словами стоит подпись Эфрона. Откуда она взялась? Заставили подписать силой? Или подделали? Все может быть...» Однако, на мой взгляд, предложенная Эфроном формулировка обтекаема и двусмысленна. Он действительно был завербован в 1931 году, но не во французскую, а в советскую разведку; «Я обнаружил, что...» говорит о непреднамеренности и пассивности его сотрудничества (небывшего!) с французской разведкой; «я действовал в связи с масонами» – он и на самом деле входил в масонскую организацию по заданию НКВД. Таким образом, сделав это признание, Эфрон, может быть, отступил от своей твердости, но все еще не признал себя виновным.