Второй раз вводят Клепинина, который повторяет свои показания о шпионской деятельности Эфрона в пользу нескольких иностранных разведок. Теперь на очередной вопрос следователя: «На какие разведки вы работали?» – Эфрон, согласно машинописи, ответил: «Я работал на те же разведки, на которые работала группа моих товарищей». Но в очерке В. Шенталинского отмечена бесценная деталь: подписывая протокол, «Эфрон исправил эту фразу, переделал все на единственное число: "Я работал на ту же разведку, на которую..." —то есть подчеркнул, что вся группа работала на одну разведку – советскую». Из последних сил Эфрон старается держаться правды и отстаивает свою честь. Он повторяет: «Шпионом я не был».
Перед лицом следствия, применяющего «физические методы воздействия», и единомышленников, изобличающих его и уговаривающих сдаться, у него уже нет сил бесконечно повторять: отрицаю... отрицаю... отрицаю..., но хватает присутствия духа, чтобы исправить запись стенографистки. Для будущего он оставил «зарубку» о своем мужестве и честности.
Следующие полтора месяца его не допрашивают, а может быть, не сохранились протоколы. Затем следствие активизируется, допросы следуют с короткими промежутками. Исследователи отмечают, что на первом после перерыва протоколе подпись Эфрона почти неузнаваема. И однако на каждом допросе он снова и снова повторяет, что был секретным сотрудником НКВД – следователи как будто не слышат и игнорируют это – и ни с какой иностранной разведкой не связан. На вопрос, кого он завербовал для секретной работы на Советский Союз, Эфрон перечисляет двадцать четыре фамилии и даже указывает даты, когда произошла вербовка каждого; на вопрос, кого он завербовал во французскую разведку, отвечает: «Никого и никогда».
Следствие продолжалось девять месяцев. С 4 апреля по 30 мая Эфрон вновь находится в Лефортовской тюрьме. 2 июня 1940 года ему предъявили протокол об окончании следствия. В подписанном им документе говорится: «Обвиняемый Эфрон-Андреев С. Я., ознакомившись с материалами следственного дела, заявил, что следствие дополнить ничем не имеет». В принятой законом процедуре это значит, что допросы, очные ставки, «методы воздействия» окончены; дальше должно быть предъявлено обвинение и затем – суд. Но для Эфрона все еще не конец. Через неделю, 9 июня – что они сделали с ним за эту неделю?! – его снова привозят на допрос, и он признает, что является агентом французской разведки, с которой был связан через масонскую ложу «Гамаюн». Подпись – изломанная, едва узнаваемая. При внимательном изучении этого документа В. Шенталинский заподозрил, что перед ним фальшивка, отметив, что «признание» и подпись стоят слишком отдельно друг от друга. К тому же в постановлении 22 июня 1940 года – еще через две недели! – о продлении срока заключения Эфрона опять отмечено, что заключенный себя виновным не признал...