И одной из двух мощнейших движущих сил этого процесса (помимо становления национальных государств) была борьба за верховенство между двумя системами власти, возникшими на осколках Единой империи — светской и религиозной. В итоге везде победила светская власть и образовались, по сути, самостоятельные национальные церкви (за исключением римско-католической).
Частью этого процесса была и гражданская война в России в 1648–1676 гг., включая противостояние «западников»-униатов и московской церкви («русско-польские» войны, закончившиеся Андрусовским перемирием 1667 г.). Эта война завершилась избиением староверов реформаторами-«никонианами» и образованием победившей партией русской православной церкви (РПЦ).
В традиционной православной историографии история Брестской унии сильно искажена. Убедительным свидетельством реального состояния религии того времени служит подлинное письмо крупнейшего русского просветителя, поэта, автора первого русского учебника грамматики Мелетия Смотрицкого (Максим Герасимович, 1577–1633) своему бывшему учителю, Константинопольскому патриарху Кириллу Лукарису, написанное в 1627 г., накануне своего окончательного перехода на униатские позиции (ВСЛ, стр. 106–114).
Из текста письма явствует, что и патриарх Кирилл (после своей гибели представленный позднейшими православными толкователями как «защитник православия») не видел какой-либо существенной разницы между «греческим» и «римским» толкованиями догматов, разделявших их, что, в конце концов, признал и Смотрицкий, приняв объединительную позицию униатов.
В частности, говоря о расколе и обращаясь к патриарху Кириллу, Смотрицкий пишет:
«Уже московский царь подал нам в том пример: ибо прежде он сам со всем своим народом подчинялся престолу, занимаемому вашим преосвященством, а теперь не только запрещает своим подданным, духовным и светским, ездить в Грецию, но еще вывел московскую церковь из подначалия константинопольского патриарха и сделал из нее все, что хотел (!!!). Кто же запретит и королю польскому поступить таким же образом в своей державе?», и далее: «Закрыв пропасть злосчастного раздора, вы совершите дело Божие и сделаете, что Русь, Польша и Литва будут отныне хвалить и славить своего создателя Бога едиными устами и единым сердцем. Ваше преосвященство слишком опытны и проницательны, чтобы не видеть и не уважить того, что в нынешнем положении дел едва ли возможно русскому народу уклониться от церковного единства».
Из этого фрагмента видно, что московская церковь вышла из подчинения Константинополю