Между тем в письменных источниках сам термин «Новгород» даже в XII веке, как оказалось, применялся не столько ко всему городу, сколько к его кремлю. Судя по всему, именно эта крепость поначалу называлась Новым городом. Сам же город образовался не из одного древнейшего центра, а из трех изолированных друг от друга поселков, причем населенных разноязыкими народами, называемыми в русских хрониках «славяне, кривичи и чудь» В позднейшие времена названия этих поселков сохранились в названиях новгородских административных районов — «концов».
Славенский конец носил и другие названия — Холм, или Славенский холм. Между тем скандинавы называли Новгород Холмгардом — «Холм-город». Вероятно, это было самоназвание поселка, населенного славянами, который до возникновения Нового города находился на Торговой стороне.
Неревский конец сохранил в своем названии имя финноугорского («чудского») племени неревы или наровы. Главной же улицей Людина конца была Прусская. Ее название, судя по всему, связано с сохранившимися в летописных записях легендами о происхождении Новгорода, в которых рассказывается о приходе части новгородцев с территории Пруссии. Археологически это движение кривичей — балтского народа, родственного пруссам и литовцам, — на северо-запад хорошо прослеживается по памятникам так называемой культуры длинных курганов.
Таким образом, Новгородский кремль — Новый город — возник, по-видимому, как крепость и межплеменной центр трех разных народов, заключивших между собой политический союз. К моменту призвания варяжского князя Рюрика в Новгород эта конфедерация племен Северо-Запада уже существовала и располагала общим центром — кремлем. Здесь находились вечевые органы власти и, вероятно, общеплеменной культовый центр. Подобная конфедеративная система в дальнейшем сказалась на всей жизни средневекового Новгорода: город делился на административные районы — «концы», отличавшиеся политической замкнутостью и постоянно соперничавшие между собой, а государственная власть была основана на паритетном представительстве от этих «концов». При этом в Новгороде правили вовсе не купцы, как это было принято считать еще полвека назад, а бояре-землевладельцы. Древняя докняжеская государственность — вече, посадник, тысяцкий — сохранялась в Новгороде на всем протяжении его средневековой истории, а роль приглашенного князя сводилась, по существу, к роли третейского судьи. Вопреки другому распространенному заблуждению, князь в Новгороде далеко не всегда являлся военным предводителем — новгородцы довольно часто приглашали к себе князей-младенцев, не способных даже сесть на коня, не то что командовать войсками.