Правительство Бориса действовало технически умело и этим приобрело популярность. Говорили, что в правление царей Фёдора и Бориса русской земле Бог «благополучно время подаде»; московские люди «начаша от скорби бывшие утешатися и тихо и безмятежно жити», «светло и радостно ликующе», и «всеми благинями Россия цветяше». Вместо «грозы» и «казни», от царя Бориса народ видел «правосудие» и «строение». Но власть он держал твёрдо, и умел показать её не хуже Иоанна Грозного, когда в том была нужда. О том же свидетельствуют и иностранцы. Наступало время релаксации после могучего рывка времён Грозного, но накопленных страной сил было ещё много, и царь умело ими распоряжался.
1598. — Последний поход против Кучума привёл к его поражению.
1599. — Пребывание посольства Афанасия Власьева в Праге при дворе императора Рудольфа II.
1599. — Образованы Конюшенный и Казанский приказы.
Во все годы своей власти Борис чрезвычайно любил строить и оставил по себе много замечательных сооружений. Начал он свои государственные постройки стеною Московского «белого» города, шедшего по линии нынешних московских бульваров. Эту стену, или «град каменной около большого посаду подле земляные осыпи», делали семь лет, а «мастером» постройки был русский человек «церковный и палатный мастер» Фёдор Савельев Конь (или Конев). По тому времени это было грандиозное и нарядное сооружение. С внешней стороны его прикрыли новою крепостью — «древяным градом» по линии нынешней Садовой улицы, «кругом Москвы около всех посадов». С участием того же мастера в то же приблизительно время построили в Астрахани каменную крепость, а с 1596 года начали работать по сооружению знаменитых стен Смоленска. Стены Смоленские, длиною более шести вёрст, с 38 башнями, были построены менее чем в пять лет.
Помимо Москвы, Борис начал строительство ещё не менее тридцати русских городов из стандартного формового кирпича, заводы для производства которого впервые созданы при нём, а сам стандарт кирпича 7х3х2 вершка сохранился доныне. Среди построенных им кирпичных городов — Белгород, Воронеж, Валуйки, Елец, Кромы, Курск, Лебедянь, Ливны, Оскол, Смоленск, Царёв-Борисов. А он у власти-то был всего ничего. Для сравнения: за полстолетия Иоанна Грозного построено только одиннадцать каменных (не кирпичных!) крепостей: Александров, Тула, Коломна, Зарайск, Старица, Ярославль, Нижний, Белозёрск, Порхов, Новгород и Псков, — остальные все деревянные. Правда, воевать Иоанну IV пришлось куда больше, нежели Борису.
План занятия «дикого поля» на юге крепостями, и постройки там городов, был разработан ещё в 1570-х годах, а выполнил его Борис Годунов. Эта сеть укреплений, планомерно размещённых на степных путях, «по сакмам татарским», прибавила Московскому государству громадное пространство «поля» и закрыла для татар пути к Москве и вообще в московский центр. Наконец, Борис на южных границах государства продолжал строительство города Грозного.